基于DWKNN的微型阵列数据对癌症分类的PSO特征选择分析

Yanche Kurniawan Mangalik, Triando Hamonangan Saragih, D. T. Nugrahadi, M. Muliadi, Muhammad Itqan Mazdadi
{"title":"基于DWKNN的微型阵列数据对癌症分类的PSO特征选择分析","authors":"Yanche Kurniawan Mangalik, Triando Hamonangan Saragih, D. T. Nugrahadi, M. Muliadi, Muhammad Itqan Mazdadi","doi":"10.33795/jip.v9i2.1128","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Salah satu penyakit mematikan penyebab kematian terbesar secara global adalah kanker. Kematian akibat kanker dapat diredam melalui deteksi dini terhadap kanker dengan memanfaatkan teknologi microarray. Namun teknologi ini memiliki kekurangan, yaitu jumlah gen (fitur) yang terlalu banyak. Kekurangan tersebut dapat diatasi dengan melakukan seleksi fitur terhadap data microarray. Salah satu algoritma seleksi fitur yang dapat digunakan adalah Binary Particle Swarm Optimizationi (BPSO). Pada penelitian ini, dilakukan seleksi fitur dengan BPSO pada data microarray dan klasifikasi menggunakan Distance Weighted KNN (DWKNN). Kemudian akan dilihat perbandingan hasil akurasi, presisi, recall, dan f1-score antara DWKNN dan BPSO-DWKNN. Seleksi fitur dan klasifikasi (BPSO-DWKNN) pada dataset Leukemia menghasilkan akurasi, presisi, recall, dan f1-score tertinggi beturut-turut sebesar 93,12%, 94,39%, 95,92%, dan 94,8%. Pada dataset Lung Cancer diperoleh akurasi, presisi, recall, dan f1-score tertinggi beturut-turut sebesar 98,36%, 98,77%, 99,35%, dan 99,03%. Pada dataset Prostate Cancer diperoleh akurasi, presisi, recall, dan f1-score tertinggi beturut-turut sebesar 86,81%, 89,13%, 88,04%, dan 88,07%. Pada dataset Diffuse Large B-Cell Lymphome diperoleh akurasi, presisi, recall, dan f1-score tertinggi beturut-turut sebesar 85,8%, 93,21%, 88,1%, dan 89,76%. Hasil perbandingan menunjukkan peningkatan akurasi, presisi, recall, dan f1-score pada algoritma DWKNN dengan seleksi fitur BPSO dibandingkan dengan algoritma DWKNN tanpa seleksi fitur BPSO.","PeriodicalId":232501,"journal":{"name":"Jurnal Informatika Polinema","volume":"111 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2023-02-27","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":"{\"title\":\"Analisis Seleksi Fitur Binary PSO Pada Klasifikasi Kanker Berdasarkan Data Microarray Menggunakan DWKNN\",\"authors\":\"Yanche Kurniawan Mangalik, Triando Hamonangan Saragih, D. T. Nugrahadi, M. Muliadi, Muhammad Itqan Mazdadi\",\"doi\":\"10.33795/jip.v9i2.1128\",\"DOIUrl\":null,\"url\":null,\"abstract\":\"Salah satu penyakit mematikan penyebab kematian terbesar secara global adalah kanker. Kematian akibat kanker dapat diredam melalui deteksi dini terhadap kanker dengan memanfaatkan teknologi microarray. Namun teknologi ini memiliki kekurangan, yaitu jumlah gen (fitur) yang terlalu banyak. Kekurangan tersebut dapat diatasi dengan melakukan seleksi fitur terhadap data microarray. Salah satu algoritma seleksi fitur yang dapat digunakan adalah Binary Particle Swarm Optimizationi (BPSO). Pada penelitian ini, dilakukan seleksi fitur dengan BPSO pada data microarray dan klasifikasi menggunakan Distance Weighted KNN (DWKNN). Kemudian akan dilihat perbandingan hasil akurasi, presisi, recall, dan f1-score antara DWKNN dan BPSO-DWKNN. Seleksi fitur dan klasifikasi (BPSO-DWKNN) pada dataset Leukemia menghasilkan akurasi, presisi, recall, dan f1-score tertinggi beturut-turut sebesar 93,12%, 94,39%, 95,92%, dan 94,8%. Pada dataset Lung Cancer diperoleh akurasi, presisi, recall, dan f1-score tertinggi beturut-turut sebesar 98,36%, 98,77%, 99,35%, dan 99,03%. Pada dataset Prostate Cancer diperoleh akurasi, presisi, recall, dan f1-score tertinggi beturut-turut sebesar 86,81%, 89,13%, 88,04%, dan 88,07%. Pada dataset Diffuse Large B-Cell Lymphome diperoleh akurasi, presisi, recall, dan f1-score tertinggi beturut-turut sebesar 85,8%, 93,21%, 88,1%, dan 89,76%. Hasil perbandingan menunjukkan peningkatan akurasi, presisi, recall, dan f1-score pada algoritma DWKNN dengan seleksi fitur BPSO dibandingkan dengan algoritma DWKNN tanpa seleksi fitur BPSO.\",\"PeriodicalId\":232501,\"journal\":{\"name\":\"Jurnal Informatika Polinema\",\"volume\":\"111 1\",\"pages\":\"0\"},\"PeriodicalIF\":0.0000,\"publicationDate\":\"2023-02-27\",\"publicationTypes\":\"Journal Article\",\"fieldsOfStudy\":null,\"isOpenAccess\":false,\"openAccessPdf\":\"\",\"citationCount\":\"0\",\"resultStr\":null,\"platform\":\"Semanticscholar\",\"paperid\":null,\"PeriodicalName\":\"Jurnal Informatika Polinema\",\"FirstCategoryId\":\"1085\",\"ListUrlMain\":\"https://doi.org/10.33795/jip.v9i2.1128\",\"RegionNum\":0,\"RegionCategory\":null,\"ArticlePicture\":[],\"TitleCN\":null,\"AbstractTextCN\":null,\"PMCID\":null,\"EPubDate\":\"\",\"PubModel\":\"\",\"JCR\":\"\",\"JCRName\":\"\",\"Score\":null,\"Total\":0}","platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Jurnal Informatika Polinema","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.33795/jip.v9i2.1128","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
引用次数: 0

摘要

全球最大的致命疾病之一是癌症。通过使用微型阵列技术,可以通过早期对癌症的检测来缓解癌症死亡率。但是这种技术有太多的基因。通过对微阵列数据进行特征选择来克服这些缺陷。可使用的功能选择算法之一是二进制优化粒子(BPSO)。在这项研究中,使用里程差距KNN (DWKNN)进行了对微阵列数据BPSO的特性选择。然后将会看到DWKNN和bpsodwknn之间的准确性、精度、记忆和f1-score比较。白血病特征和分类选择(bpsodwknn)为患者提供了最精确、最精确、记忆和f1分数的最高分级为93.12%、94.39%、95.92%和94.8%。在数据库中,龙巨蟹座获得了最高的准确度、精度、召回和f1分数,分别是98.36%、98.77%、99.35%和99.03%。在dataset procer中,回收率最高的f1分数为86.81%、89.13%、88.07%和88.07%。在dataset lemphome, B-Cell Lymphome的精确度、精确度、召回和f1分数最高,分别为85.8%、93.21%、88.1%和89.76%。比较结果显示,DWKNN算法的准确性、精度、recall和f1-得分增加,而BPSO特性选择算法与没有BPSO特性选择的DWKNN算法进行比较。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
Analisis Seleksi Fitur Binary PSO Pada Klasifikasi Kanker Berdasarkan Data Microarray Menggunakan DWKNN
Salah satu penyakit mematikan penyebab kematian terbesar secara global adalah kanker. Kematian akibat kanker dapat diredam melalui deteksi dini terhadap kanker dengan memanfaatkan teknologi microarray. Namun teknologi ini memiliki kekurangan, yaitu jumlah gen (fitur) yang terlalu banyak. Kekurangan tersebut dapat diatasi dengan melakukan seleksi fitur terhadap data microarray. Salah satu algoritma seleksi fitur yang dapat digunakan adalah Binary Particle Swarm Optimizationi (BPSO). Pada penelitian ini, dilakukan seleksi fitur dengan BPSO pada data microarray dan klasifikasi menggunakan Distance Weighted KNN (DWKNN). Kemudian akan dilihat perbandingan hasil akurasi, presisi, recall, dan f1-score antara DWKNN dan BPSO-DWKNN. Seleksi fitur dan klasifikasi (BPSO-DWKNN) pada dataset Leukemia menghasilkan akurasi, presisi, recall, dan f1-score tertinggi beturut-turut sebesar 93,12%, 94,39%, 95,92%, dan 94,8%. Pada dataset Lung Cancer diperoleh akurasi, presisi, recall, dan f1-score tertinggi beturut-turut sebesar 98,36%, 98,77%, 99,35%, dan 99,03%. Pada dataset Prostate Cancer diperoleh akurasi, presisi, recall, dan f1-score tertinggi beturut-turut sebesar 86,81%, 89,13%, 88,04%, dan 88,07%. Pada dataset Diffuse Large B-Cell Lymphome diperoleh akurasi, presisi, recall, dan f1-score tertinggi beturut-turut sebesar 85,8%, 93,21%, 88,1%, dan 89,76%. Hasil perbandingan menunjukkan peningkatan akurasi, presisi, recall, dan f1-score pada algoritma DWKNN dengan seleksi fitur BPSO dibandingkan dengan algoritma DWKNN tanpa seleksi fitur BPSO.
求助全文
通过发布文献求助,成功后即可免费获取论文全文。 去求助
来源期刊
自引率
0.00%
发文量
0
×
引用
GB/T 7714-2015
复制
MLA
复制
APA
复制
导出至
BibTeX EndNote RefMan NoteFirst NoteExpress
×
提示
您的信息不完整,为了账户安全,请先补充。
现在去补充
×
提示
您因"违规操作"
具体请查看互助需知
我知道了
×
提示
确定
请完成安全验证×
copy
已复制链接
快去分享给好友吧!
我知道了
右上角分享
点击右上角分享
0
联系我们:info@booksci.cn Book学术提供免费学术资源搜索服务,方便国内外学者检索中英文文献。致力于提供最便捷和优质的服务体验。 Copyright © 2023 布克学术 All rights reserved.
京ICP备2023020795号-1
ghs 京公网安备 11010802042870号
Book学术文献互助
Book学术文献互助群
群 号:604180095
Book学术官方微信