Obtaining DNA Samples from Sensitive and Endangered Bird Species: A Comparison of Saliva and Blood Samples

Abstract

Summary. Methods used to collect biological samples from birds for genetic analyses should allow high-quality DNA to be obtained in sufficient quantities, while limiting negative effects on sampled individuals. In this context, we assessed the potential use of saliva sampling (using buccal swabs) as an alternative to blood sampling (supposedly more stressful) in a near-threatened Caribbean-endemic, the White-crowned Pigeon Patagioenas leucocephala, a bird known to be highly sensitive to capture and handling, based on samples collected from 28 adults captured in the wild. We quantitatively and qualitatively compared DNA extracts, amplifications of two mitochondrial genes (∼430 bp and 1040 bp), and molecular sexing between saliva and blood samples. As expected, blood samples provided larger amounts of DNA of heavy molecular weight than buccal swabs. However, buccal swabs were as reliable as blood samples as a source of genetic material to sequence mtDNA. On the other hand, buccal swab samples might require an improved PCR protocol to sex all individuals successfully. We discuss the use of buccal swabs vs. blood sampling as a way to obtain DNA in relation to research objectives and minimising stress and harmful effects. —Cambrone, C., Motreuil, S., Reyes, F.O., Landestroy, M.A., Cézilly, F. & Bezault, E. (2022). Obtaining DNA samples from sensitive and endangered bird species: a comparison of saliva and blood samples. Ardeola, 69: 263-278. Resumen. Los métodos utilizados para recolectar muestras biológicas de aves para análisis genéticos deberían permitir la obtención de ADN de alta calidad en cantidades suficientes, limitando al mismo tiempo los efectos negativos a los individuos muestreados. En este contexto, evaluamos el uso potencial del muestreo de saliva (usando hisopos bucales) como una alternativa al muestreo de sangre (supuestamente más estresante) en la paloma coronita Patagioenas leucocephala, una especie endémica del Caribe, casi amenazada, y conocida por ser altamente sensible a la captura y manejo. En el estudio se usaron muestras recolectadas de 28 aves adultas capturadas en la naturaleza. Comparamos cuantitativa y cualitativamente extractos de ADN, la amplificación de dos genes mitocondriales (∼430 pb y 1040 pb) y el sexado molecular entre la saliva y la sangre. Como era de esperar, las muestras de sangre produjeron mayores cantidades de ADN y con mayor peso molecular que los hisopos bucales. Sin embargo, los hisopos bucales resultaron ser tan confiables como las muestras de sangre como fuente de material genético para secuenciar el ADNmt. Por otro lado, las muestras de frotis bucales pueden requerir un protocolo de PCR mejorado para sexar a todos los individuos. Discutimos el uso de hisopos bucales frente a la toma de muestras de sangre como una forma de obtener ADN en relación con los objetivos de la investigación y la minimización del estrés y los efectos nocivos.—Cambrone, C., Motreuil, S., Reyes, F.O., Landestroy, M.A., Cézilly, F. y Bezault, E. (2022). Obtención de muestras de ADN de especies de aves sensibles y en peligro: comparación de muestras de saliva y sangre. Ardeola, 69: 263-278.