Variation of the calpain 1 p.Ala316Gly genotypes in Turkish Grey Steppe and Anatolian Black bulls

4区农林科学 Q4 Veterinary

International Journal of Applied Research in Veterinary Medicine Pub Date : 2022-06-21 DOI:10.30782/jrvm.1090467

S. Ardıçlı, Ö. Çobanoğlu

{"title":"Variation of the calpain 1 p.Ala316Gly genotypes in Turkish Grey Steppe and Anatolian Black bulls","authors":"S. Ardıçlı, Ö. Çobanoğlu","doi":"10.30782/jrvm.1090467","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Kalpain 1 (CAPN1) geni, mikromolar kalsiyum–aktive nötral proteaz geni olarak bilinir ve postmortem koşullarda miyofibriler proteinleri indirgeyen kalsiyum bağımlı sistein proteazı, μ-kalpaini ayrıştırır. Bu genin kas metabolizması ve gelişimi üzerinde önemli etkileri vardır. Bu gen, çeşitli sığır ırkları arasında geniş çapta çalışılmış olmasına rağmen, Türk yerli sığırları hakkında sınırlı bilgi bulunmaktadır. Bu nedenle bu çalışma, bazı Türk yerli sığır ırklarında CAPN1 p.Ala316Gly polimorfizmine ait genetik varyasyonu belirlemeyi amaçlamıştır. Bu kapsamda 99 Boz ve 41 Yerli Kara ırkı erkek sığır PCR-RFLP metodu kullanılarak genotiplendirilmiştir. Genotipik ve alelik frekanslar, Hardy-Weinberg dengesi (HWE), heterozigotluk (He), polimorfizm bilgi içeriği (PIC), efektif alel sayısı (Ne), fiksasyon indeksi (Fıs), olası varyasyon gerçekleşme düzeyi (%V) dahil olmak üzere popülasyon genetik parametreleri değerlendirilmiştir. Ayrıca Shannon-Weaver indeksi, Simpson dominantlık indeksi ve Gini katsayısını içeren biyoçeşitlilik indeksleri hesaplanmıştır. Sonuçlar, GG genotipinin her iki yerli ırkta da oldukça baskın olduğunu ortaya koydu. Öte yandan, toplam popülasyonda CC genotipinin bulunmadığı gözlenmiştir. Bu durum dikkate değer düzeyde düşük C allel frekansıyla sonuçlanmıştır (Boz ve Yerli Kara için sırasıyla 0.13 ve 0.12). Fisher’ın kesin testi, HWE’den sapma oldğunu, popülasyon genetiği parametreleri ise, incelenen ırklarda oldukça düşük bir genetik varyasyon düzeyi olduğunu göstermiştir. Bu gözlem, düşük seviyedeki biyolojik çeşitlilik seviyeleri ile desteklenmiştir. Nitekim CAPN1 markörü, Boz ve Yerli Kara sığırları için düşük seviyede bilgilendiricilik göstermiştir ancak Türkiye’deki yerli sığır ırklarının genetik karakterizasyonu hakkında ileride yapılacak çalışmalara ihtiyaç vardır. Yerli ırklarda yapılacak moleküler genetik çalışmalar, önemli biyolojik süreçlerle ilgili daha geniş perspektifleri ortaya koymak ve büyüme, kas gelişimi ve yem verimliliği gibi kompleks özelliklerin daha iyi anlaşılmasını sağlamak için teşvik edilmelidir.","PeriodicalId":13839,"journal":{"name":"International Journal of Applied Research in Veterinary Medicine","volume":"4995 3 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2022-06-21","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"International Journal of Applied Research in Veterinary Medicine","FirstCategoryId":"97","ListUrlMain":"https://doi.org/10.30782/jrvm.1090467","RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"Q4","JCRName":"Veterinary","Score":null,"Total":0}

引用次数: 0

Abstract

Kalpain 1 (CAPN1) geni, mikromolar kalsiyum–aktive nötral proteaz geni olarak bilinir ve postmortem koşullarda miyofibriler proteinleri indirgeyen kalsiyum bağımlı sistein proteazı, μ-kalpaini ayrıştırır. Bu genin kas metabolizması ve gelişimi üzerinde önemli etkileri vardır. Bu gen, çeşitli sığır ırkları arasında geniş çapta çalışılmış olmasına rağmen, Türk yerli sığırları hakkında sınırlı bilgi bulunmaktadır. Bu nedenle bu çalışma, bazı Türk yerli sığır ırklarında CAPN1 p.Ala316Gly polimorfizmine ait genetik varyasyonu belirlemeyi amaçlamıştır. Bu kapsamda 99 Boz ve 41 Yerli Kara ırkı erkek sığır PCR-RFLP metodu kullanılarak genotiplendirilmiştir. Genotipik ve alelik frekanslar, Hardy-Weinberg dengesi (HWE), heterozigotluk (He), polimorfizm bilgi içeriği (PIC), efektif alel sayısı (Ne), fiksasyon indeksi (Fıs), olası varyasyon gerçekleşme düzeyi (%V) dahil olmak üzere popülasyon genetik parametreleri değerlendirilmiştir. Ayrıca Shannon-Weaver indeksi, Simpson dominantlık indeksi ve Gini katsayısını içeren biyoçeşitlilik indeksleri hesaplanmıştır. Sonuçlar, GG genotipinin her iki yerli ırkta da oldukça baskın olduğunu ortaya koydu. Öte yandan, toplam popülasyonda CC genotipinin bulunmadığı gözlenmiştir. Bu durum dikkate değer düzeyde düşük C allel frekansıyla sonuçlanmıştır (Boz ve Yerli Kara için sırasıyla 0.13 ve 0.12). Fisher’ın kesin testi, HWE’den sapma oldğunu, popülasyon genetiği parametreleri ise, incelenen ırklarda oldukça düşük bir genetik varyasyon düzeyi olduğunu göstermiştir. Bu gözlem, düşük seviyedeki biyolojik çeşitlilik seviyeleri ile desteklenmiştir. Nitekim CAPN1 markörü, Boz ve Yerli Kara sığırları için düşük seviyede bilgilendiricilik göstermiştir ancak Türkiye’deki yerli sığır ırklarının genetik karakterizasyonu hakkında ileride yapılacak çalışmalara ihtiyaç vardır. Yerli ırklarda yapılacak moleküler genetik çalışmalar, önemli biyolojik süreçlerle ilgili daha geniş perspektifleri ortaya koymak ve büyüme, kas gelişimi ve yem verimliliği gibi kompleks özelliklerin daha iyi anlaşılmasını sağlamak için teşvik edilmelidir.

查看原文本刊更多论文

土耳其灰草原和安纳托利亚黑公牛calpain 1 p.Ala316Gly基因型的变异

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

求助全文

约1分钟内获得全文求助全文

来源期刊

International Journal of Applied Research in Veterinary Medicine 农林科学-兽医学

自引率

0.00%

发文量

审稿时长

3 months

期刊介绍： The International Journal of Applied Research in Veterinary Medicine promotes excellence in the clinical practice of veterinary medicine by disseminating fundamental scientific, diagnostic, and treatment knowledge gained from prospective and retrospective research in a timely manner. The Journal fulfills its mission through rapid peer review of each submitted article, and publication of all articles within 90 days of acceptance. All published articles meet the standards of Balance, Independence, Objectivity and Scientific Rigor.