Skrining senyawa Eurycoma longifolia terhadap siklus sel dengan metode docking melalui interaksi cylcin

Abstract

Latar belakang: Pasak bumi telah dikenal oleh masyarakat secara turun-temurun untuk meningkatkan gairah seksual pada pria (afrodisiaka). Disamping itu dapat meningkatkan performa atlet olahraga dan sebagai antistress, menurunkan tegangan, kemarahan, dan kebingungan.  Tujuan: Penggunaan yang relatif banyak ini mendorong peneliti berkeinginan melakukan skrining senyawa aktif terhadap antitumor secara in silico dengan melalui 2 tahap yaitu melalaui PASS online dan docking.   Metode: Metode docking dipakai untuk melihat interaksi stabilitas senyawa dengan cylin. Dalam pengujian ini, Pyrx digunakan sebagai alat docking dengan berbagai target yang berhubungan dengan siklus sel, yaitu cyclin D3 (PDB ID: 3G33), cyclin A (PDB ID: IJSU), cyclin C (PDB ID: 1ZP2), cyclin D (ID PDB: 2W9F), cyclin H (ID PDB: 1KXU), dan cyclin T (ID PDB: 3BLR).  Hasil: Hasil docking pada masing-masing cyclin menunjukkan interaksi terbaik dengan senyawa berikut ini: cyclin A dan 9-Methoxycanthin-6-one 3-N-oxide (-8,6 Kkal/mol), cyclin H dan Niloticin (-8,0 Kkal/mol), cyclin D3 dan 9-Methoxycanthin-6-one 3-N-oxide (-7,2 Kkal/mol), cyclin D dan Eurycolactone F (-8,4 Kkal/mol), cyclin C dan Niloticin (-7,5 Kkal/mol), serta cyclin T dan Niloticin (-8,2 Kkal/mol).  Kesimpulan: Berdasarkan skor docking yang diperoleh, kestabilan interaksi diprediksi akan terjadi pada cyclin A dengan 9-Methoxycanthin-6-one 3-N-oxide (delta G: -8.6 Kkal/mol).