Desain Primer Gen 12S sRNA dari DNA Mitrokondria Babi (Sus scrofa) secara In Silico sebagai Kandidat Primer dalam Analisis Molekuler Kehalalan Produk

Jurnal Sains Farmasi & Klinis Pub Date : 2021-12-14 DOI:10.25077/jsfk.8.3.316-322.2021

T. M. Fakih, Salsabilla Wijaya, Sani Ega Priani

{"title":"Desain Primer Gen 12S sRNA dari DNA Mitrokondria Babi (Sus scrofa) secara In Silico sebagai Kandidat Primer dalam Analisis Molekuler Kehalalan Produk","authors":"T. M. Fakih, Salsabilla Wijaya, Sani Ega Priani","doi":"10.25077/jsfk.8.3.316-322.2021","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Beberapa produk seperti obat, makanan, dan kosmetika khususnya kolagen dapat berpotensi mengandung turunan babi sehingga diperlukan adanya analisis kehalalan. . Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan metode yang dapat digunakan untuk melakukan analisis sampel secara molekuler. Tujuan dari penelitian ini adalah mendesain kandidat primer dari gen 12S rRNA babi secara in silico. . Metode yang digunakan adalah penelusuran data gen 12S rRNA melalui situs National Center for Biotechnology Information (NCBI), kemudian sekuen gen 12S rRNA dianalisis menggunakan server web Integrated DNA Technologies (IDT) dan MFEprimer-3.1 untuk dilakukan pemilihan kandidat primer terbaik. Kandidat primer terpilih kemudian diidentifikasi menggunakan server web SnapGene Viewer untuk mengamati kemampuan penempelan kandidat primer pada sekuen target. Pada tahap terakhir dilakukan evaluasi kandidat primer menggunakan server web OligoAnalyzer™ Tool agar diperoleh pasangan kandidat primer terbaik yang memenuhi kriteria primer yang baik. Kandidat primer yang terbaik adalah primer forward rRNA-5 (5’ GTACTACTCGCAACTGCCTAAA 3’) dan primer reverse rRNA-6 (5’GCAAGGGTTGGTAAGGTCTATC 3’) karena memenuhi persyaratan primer ideal. . Dengan demikian, kandidat primer tersebut dapat digunakan untuk karakterisasi sampel secara in vitro menggunakan teknik PCR.","PeriodicalId":17687,"journal":{"name":"Jurnal Sains Farmasi & Klinis","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2021-12-14","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"1","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Jurnal Sains Farmasi & Klinis","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.25077/jsfk.8.3.316-322.2021","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}

引用次数: 1

Abstract

Beberapa produk seperti obat, makanan, dan kosmetika khususnya kolagen dapat berpotensi mengandung turunan babi sehingga diperlukan adanya analisis kehalalan. . Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan metode yang dapat digunakan untuk melakukan analisis sampel secara molekuler. Tujuan dari penelitian ini adalah mendesain kandidat primer dari gen 12S rRNA babi secara in silico. . Metode yang digunakan adalah penelusuran data gen 12S rRNA melalui situs National Center for Biotechnology Information (NCBI), kemudian sekuen gen 12S rRNA dianalisis menggunakan server web Integrated DNA Technologies (IDT) dan MFEprimer-3.1 untuk dilakukan pemilihan kandidat primer terbaik. Kandidat primer terpilih kemudian diidentifikasi menggunakan server web SnapGene Viewer untuk mengamati kemampuan penempelan kandidat primer pada sekuen target. Pada tahap terakhir dilakukan evaluasi kandidat primer menggunakan server web OligoAnalyzer™ Tool agar diperoleh pasangan kandidat primer terbaik yang memenuhi kriteria primer yang baik. Kandidat primer yang terbaik adalah primer forward rRNA-5 (5’ GTACTACTCGCAACTGCCTAAA 3’) dan primer reverse rRNA-6 (5’GCAAGGGTTGGTAAGGTCTATC 3’) karena memenuhi persyaratan primer ideal. . Dengan demikian, kandidat primer tersebut dapat digunakan untuk karakterisasi sampel secara in vitro menggunakan teknik PCR.

查看原文本刊更多论文

猪线粒体DNA (Sus scrofa)的原始设计方案中的第12S sRNA在二氧化硅中是次级分子产品分析的候选者

一些产品，如药物、食品和特别是胶原蛋白，可能含有猪的衍生物，因此需要对大麻进行分析。多聚糖链反应(PCR)是一种可以用来进行分子样本分析的方法。本研究的目标是设计硅基猪第12代的主要候选人。使用的方法是通过国家生物技术信息中心(NCBI)对12个基因的跟踪跟踪(NCBI)，然后12个基因序列rRNA被分析使用一个集成的web服务器，DNA技术(IDT)和mfeprimer3.1进行最佳的选择。然后，选择的初级候选人使用SnapGene Viewer web服务器观察主要候选人对目标序列的配对能力。最后阶段进行评估候选人主要使用web服务器OligoAnalyzer™工具才能获得最好的初级候选人的初级资格标准的好搭档。最好的初级候选人是前rrna5 (5 ' gtaccaacgcctaaa 3 ')和反向rrna6 (5' gcaagggggttctatc 3’)，因为它符合基本的理想要求。因此，初级候选人可以使用PCR技术对样本进行体外受精特性描述。

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

求助全文

约1分钟内获得全文求助全文

来源期刊

Jurnal Sains Farmasi & Klinis

自引率

0.00%

发文量