Bases de données génomiques microbiennes

Abstract

Les nouvelles connaissances engendrées par la disponibilité des génomes entiers sont encore en partie du domaine de l'inconnu, essence même de la recherche. En revanche, une des exigences soulevées par cette nouvelle discipline est d'ores et déjà manifeste : il s'agit de la quantité et de la diversité des informations générées, et des contraintes d'organisation que celles-ci imposent. Ainsi, au cœur de la révolution génomique, les banques et les bases de données jouent un rôle central. Plutôt que de dresser un catalogue exhaustif et fastidieux des bases de données génomiques microbiennes existantes, cet article vise à présenter les concepts et les méthodes qui permettent l'élaboration de tels outils, et les défis posés par la genèse de ce qui se trouve au cœur même de ces bases de données : les annotations génomiques. Le lecteur est invité à se reporter aux bases de données listées dans le tableau 1, ainsi qu'aux sites World-Wide Web présentant de telles listes, afin d'évaluer plus en détail la pertinence et l'usage qui peut être fait, en fonction de ses besoins, de telle ou telle base de données spécifique. Après une courte introduction sur les concepts informatiques sous-jacents, nous verrons donc le type d'informations que gèrent ces bases de données et les difficultés que cela pose, en terminant par une illustration à l'aide de quelques exemples.