False-negative result in molecular diagnosis of SARS-CoV-2 in samples with amplification inhibitors

Q4 Medicine
Marcel Fruehwirth, A. Rivas, A. F. R. Fitz, A. A. Batista, Cleypson Vinicius Silveira, R. M. Delai
{"title":"False-negative result in molecular diagnosis of SARS-CoV-2 in samples with amplification inhibitors","authors":"Marcel Fruehwirth, A. Rivas, A. F. R. Fitz, A. A. Batista, Cleypson Vinicius Silveira, R. M. 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that there is an average variation (a l0 05) delaying the Cq between the results of amplification of the internal control (IC), N gene (NG), and ORF1ab (OF), 1 811 Cq, 3 840 Cq, and 3 842 Cq, respectively Discussion: The extraction kit does not completely purify the inhibitor compounds;therefore, no amplified product result may occur In this study, we obtained a 19 04% false-negative diagnosis after sample dilution;this process reduces the efficiency of rRT-PCR to 29 8% in detecting SARS-CoV-2 Conclusion: Knowing the rRT-PCR standards of diluted samples can assist in the identification of false-negative cases and, consequently, avoid incorrect diagnosis RESUMEN Introduccion: Aunque la reaccion en cadena de la polimerasa con transcriptasa reversa en tiempo real (rRT-PCR) sea el metodo de referencia para deteccion del coronavirus tipo 2 del sindrome respiratorio agudo grave (Sars-CoV-2), algunos factores como la presencia de inhibidores de amplificacion conducen a resultados falsos negativos Objetivo: Describimos las diferencias entre los resultados de rRT-PCR para infeccion por Sars-CoV-2 en muestras normales y diluidas, simulando la necesidad de dilucion debido a la presencia de inhibidores de amplificacion Material y metodo: La extraccion de acido ribonucleico (ARN) viral de muestras de hisopos nasofaringeos de 20 pacientes previamente detectados como \"negativos\"y 21 pacientes detectados como \"positivos\"para Sars-CoV-2 se realizo con el kit Easy Extract DNA-RNA (Interprise®) La rRT-PCR se realizo con el kit OneStep/Covid-19 (IBMP), con muestras normales y diluidas (80 µl de H2O libre de ARNasa), totalizando 82 pruebas Resultados: Los resultados indican que hay una variacion media (a l0,05) retrasando el ciclo de cuantificacion (Cq) entre los resultados de amplificacion del control interno (CI), gen N (GN) y ORF1ab (OF) de 1,811 Cq, 3,840 Cq y 3,842 Cq Discusion: El kit de extraccion no purifica completamente los compuestos inhibidores;por lo tanto, puede ocurrir no amplificacion Obtuvimos un diagnostico falso negativo de 19,04% despues de la dilucion de la muestra;ese proceso reduce la eficiencia de la rRT-PCR hacia 29,8% en la deteccion de Sars-CoV-2 Conclusion: Conocer los patrones de la rRT-PCR de muestras diluidas puede ayudar en la identificacion de casos falsos negativos y, por consiguiente, evitar un diagnostico equivocado RESUMO Introducao: Embora a reacao em cadeia da polimerase de transcricao reversa (rRT-PCR) seja o metodo padrao-ouro para deteccao de coronavirus da sindrome respiratoria aguda grave 2 (SARS-CoV-2), alguns fatores como a presenca de inibidores de amplificacao levam a resultados falso negativos Objetivo: Descrevemos as diferencas entre os resultados de rRT-PCR para infeccao por SARS-CoV-2 em amostras normais e diluidas, simulando a necessidade de diluicao devido a presenca de inibidores de amplificacao Material e metodo: A extracao de acido ribonucleico (RNA) viral de amostras de suabes nasofaringeos de 20 pacientes previamente detectados como \"negativos\"e 21 pacientes detectados como \"positivos\"para SARS-CoV-2 foi realizada com kit o EasyExtract DNA-RNA (Interprise®) A rRT-PCR foi realizada com o kit OneStep/COVID-19 (IBMP), com amostras normais e diluidas (80 µl de H2O RNAse-free), totalizando 82 testes Resultados: Os resultados indicam que existe uma variacao media (a l0,05) atrasando o Cq entre os resultados de amplificacao do controle interno (CI), gene N (GN) e ORF1ab (OF) de 1,811 Cq, 3,840 Cq e 3,842 Cq, respectivamente Discussao: O kit de extracao nao purifica completamente os compostos inibidores, portanto, pode ocorrer nao amplificacao Obtivemos um diagnostico falso negativo de 19,04% apos a diluicao da amostra;esse processo reduz a eficiencia da rRT-PCR para 29,8% na deteccao de SARS-CoV-2 Conclusao: Conhecer os padroes da rRT-PCR de amostras diluidas pode auxiliar na identificacao de casos falso negativos e, consequentemente, evitar um diagnostico 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Abstract

ABSTRACT Introduction: Although reverse transcription-polymerase chain reaction (rRT-PCR) is the gold standard method for detecting severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), some factors, such as the presence of amplification inhibitors, lead to false-negative results Objective: Here we describe the differences between rRT-PCR results for SARS-CoV-2 infection in normal and diluted samples, simulating the need for dilution due to the presence of amplification inhibitors Material and method: Viral ribonucleic acid (RNA) from samples of nasopharyngeal swabs from 20 patients previously detected as "Negative"and 21 patients detected as "Positive"for SARS-CoV-2 was performed with the EasyExtract DNA-RNA kit (Interprise®) The rRT-PCR was performed with the OneStep/COVID-19 kit (IBMP), with normal and diluted (80 µl of H2O RNAse free) samples, totaling 82 tests Results: The results indicate that there is an average variation (a l0 05) delaying the Cq between the results of amplification of the internal control (IC), N gene (NG), and ORF1ab (OF), 1 811 Cq, 3 840 Cq, and 3 842 Cq, respectively Discussion: The extraction kit does not completely purify the inhibitor compounds;therefore, no amplified product result may occur In this study, we obtained a 19 04% false-negative diagnosis after sample dilution;this process reduces the efficiency of rRT-PCR to 29 8% in detecting SARS-CoV-2 Conclusion: Knowing the rRT-PCR standards of diluted samples can assist in the identification of false-negative cases and, consequently, avoid incorrect diagnosis RESUMEN Introduccion: Aunque la reaccion en cadena de la polimerasa con transcriptasa reversa en tiempo real (rRT-PCR) sea el metodo de referencia para deteccion del coronavirus tipo 2 del sindrome respiratorio agudo grave (Sars-CoV-2), algunos factores como la presencia de inhibidores de amplificacion conducen a resultados falsos negativos Objetivo: Describimos las diferencias entre los resultados de rRT-PCR para infeccion por Sars-CoV-2 en muestras normales y diluidas, simulando la necesidad de dilucion debido a la presencia de inhibidores de amplificacion Material y metodo: La extraccion de acido ribonucleico (ARN) viral de muestras de hisopos nasofaringeos de 20 pacientes previamente detectados como "negativos"y 21 pacientes detectados como "positivos"para Sars-CoV-2 se realizo con el kit Easy Extract DNA-RNA (Interprise®) La rRT-PCR se realizo con el kit OneStep/Covid-19 (IBMP), con muestras normales y diluidas (80 µl de H2O libre de ARNasa), totalizando 82 pruebas Resultados: Los resultados indican que hay una variacion media (a l0,05) retrasando el ciclo de cuantificacion (Cq) entre los resultados de amplificacion del control interno (CI), gen N (GN) y ORF1ab (OF) de 1,811 Cq, 3,840 Cq y 3,842 Cq Discusion: El kit de extraccion no purifica completamente los compuestos inhibidores;por lo tanto, puede ocurrir no amplificacion Obtuvimos un diagnostico falso negativo de 19,04% despues de la dilucion de la muestra;ese proceso reduce la eficiencia de la rRT-PCR hacia 29,8% en la deteccion de Sars-CoV-2 Conclusion: Conocer los patrones de la rRT-PCR de muestras diluidas puede ayudar en la identificacion de casos falsos negativos y, por consiguiente, evitar un diagnostico equivocado RESUMO Introducao: Embora a reacao em cadeia da polimerase de transcricao reversa (rRT-PCR) seja o metodo padrao-ouro para deteccao de coronavirus da sindrome respiratoria aguda grave 2 (SARS-CoV-2), alguns fatores como a presenca de inibidores de amplificacao levam a resultados falso negativos Objetivo: Descrevemos as diferencas entre os resultados de rRT-PCR para infeccao por SARS-CoV-2 em amostras normais e diluidas, simulando a necessidade de diluicao devido a presenca de inibidores de amplificacao Material e metodo: A extracao de acido ribonucleico (RNA) viral de amostras de suabes nasofaringeos de 20 pacientes previamente detectados como "negativos"e 21 pacientes detectados como "positivos"para SARS-CoV-2 foi realizada com kit o EasyExtract DNA-RNA (Interprise®) A rRT-PCR foi realizada com o kit OneStep/COVID-19 (IBMP), com amostras normais e diluidas (80 µl de H2O RNAse-free), totalizando 82 testes Resultados: Os resultados indicam que existe uma variacao media (a l0,05) atrasando o Cq entre os resultados de amplificacao do controle interno (CI), gene N (GN) e ORF1ab (OF) de 1,811 Cq, 3,840 Cq e 3,842 Cq, respectivamente Discussao: O kit de extracao nao purifica completamente os compostos inibidores, portanto, pode ocorrer nao amplificacao Obtivemos um diagnostico falso negativo de 19,04% apos a diluicao da amostra;esse processo reduz a eficiencia da rRT-PCR para 29,8% na deteccao de SARS-CoV-2 Conclusao: Conhecer os padroes da rRT-PCR de amostras diluidas pode auxiliar na identificacao de casos falso negativos e, consequentemente, evitar um diagnostico incorreto
带有扩增抑制剂的样品中SARS-CoV-2分子诊断结果假阴性
摘要简介:虽然逆转录聚合酶链反应(rRT-PCR)是检测严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2)的金标准方法,但一些因素,如扩增抑制剂的存在,会导致假阴性结果。在这里,我们描述了正常和稀释样品中SARS-CoV-2感染的rRT-PCR结果之间的差异,模拟了由于扩增抑制剂的存在而需要稀释的情况。使用EasyExtract DNA-RNA试剂盒(Interprise®)对20例既往检测为SARS-CoV-2“阴性”和21例既往检测为SARS-CoV-2“阳性”的患者的鼻咽拭子样本进行病毒核糖核酸(RNA)检测,使用OneStep/COVID-19试剂盒(IBMP)进行rRT-PCR检测,正常和稀释(80µl无水RNAse)样品共82次检测。结果表明,内控基因(IC)、N基因(NG)和ORF1ab基因(of)的扩增结果之间存在平均变异(a 0.05), Cq延迟分别为1 811 Cq、3 840 Cq和3 842 Cq。本研究样品稀释后的假阴性诊断率为19.04%,该过程使rRT-PCR检测SARS-CoV-2的效率降低至29.8%。结论:了解稀释后样品的rRT-PCR标准可以帮助鉴定假阴性病例,从而避免错误诊断。新型冠状病毒冠状病毒2型严重呼吸综合征(Sars-CoV-2)的特异反应和逆转录序列(rRT-PCR)海参比检测方法、相关因子、抑制因子的存在和扩增导致结果阴性。描述了用rRT-PCR方法对正常小鼠感染Sars-CoV-2进行稀释的差异研究结果,同时采用了必要的稀释剂和存在抑制剂的方法扩增材料。核酸核酸提取(ARN)病毒核酸提取(ARN)病毒核酸提取(ARN)病毒核酸提取(ARN)病毒核酸提取(ARN)病毒核酸提取(20例)病毒核酸检测(21例)病毒核酸检测(阴性)病毒核酸检测(21例)病毒核酸检测(阳性)病毒Sars-CoV-2病毒核酸提取试剂盒(IBMP)、核酸核酸提取试剂盒OneStep/Covid-19 (IBMP)、核酸核酸提取(80 μ l)正常核酸提取(ARNasa),共检测82例。洛杉矶resultados糖苷,干草una variacion媒体(l0 05) retrasando el ciclo de cuantificacion (Cq)之间洛杉矶resultados de amplificacion del控制interno (CI)、N (GN) y世代ORF1ab(的)1811 Cq 3840 Cq y 3842 Cq的对比:结果表明:该方法对新冠病毒的诊断效率降低了29.8%,对新冠病毒的诊断效率降低了19.4%,对新冠病毒的诊断效率降低了19.4%,对新冠病毒的诊断效率降低了29.8%。结论:新冠病毒对新冠病毒的诊断效率降低,对新冠病毒的诊断效率降低,对新冠病毒的诊断效率降低,对新冠病毒的诊断效率降低,对新冠病毒的诊断效率降低,对新冠病毒的诊断效率降低,对新冠病毒的诊断效率降低,对新冠病毒的诊断效率降低。采用逆转录聚合酶链反应(rRT-PCR)方法检测冠状病毒呼吸综合征2 (SARS-CoV-2),检测结果均为阴性。研究了两种不同的rRT-PCR方法对SARS-CoV-2病毒的感染效果与正常小鼠的稀释效果的差异,同时分析了两种不同的稀释效果与扩增抑制剂的存在。采用EasyExtract DNA-RNA (Interprise®)检测试剂盒检测20例患者的SARS-CoV-2“阴性”病例和21例患者的SARS-CoV-2“阳性”病例。采用rRT-PCR检测试剂盒OneStep/COVID-19 (IBMP),检测正常病例和稀释病例(80µl水无RNA),共检测82例。结果表明,在不同的培养基中(a 2010,05),在不同的Cq中心存在不同的结果,扩增的Cq控制区间(CI),基因N (GN)和ORF1ab (OF)分别为1,811 Cq, 3,840 Cq和3,842 Cq。目的:纯化纯化纯化纯化纯化后的复合物,其抑菌活性显著高于纯化纯化后的复合物,其抑菌活性显著高于纯化纯化后的复合物,其抑菌活性显著高于纯化纯化后的复合物,其抑菌活性显著低于纯化纯化后的复合物,纯化后的复合物对SARS-CoV-2的检测效率显著低于纯化纯化后的复合物,纯化后的复合物对SARS-CoV-2的检测效率显著低于纯化后的复合物
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Jornal Brasileiro de Patologia e Medicina Laboratorial
Jornal Brasileiro de Patologia e Medicina Laboratorial Health Professions-Medical Laboratory Technology
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期刊介绍: The Jornal Brasileiro de Patologia e Medicina Laboratorial (Brazilian Journal of Pathology and Laboratory Medicine), a continuation of Jornal Brasileiro de Patologia (Brazilian Journal of Pathology), and published quarterly (March, June, September and December) is directed towards the publication of scientific articles that contribute to the development of the area of Laboratory Medicine (Clinical Pathology, Pathology, Cytopathology). It accepts the following categories of articles: original articles, review articles, case reports, short communications, updating articles, letters to editors and reviews.
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