Polymorphisme du gène coronine du Plasmodium falciparum dans les populations naturelles du P. falcifarum au Mali

IF 1.2 4区 医学 Q4 PUBLIC, ENVIRONMENTAL & OCCUPATIONAL HEALTH
D. Niyomwungere , A. Dara , D. Habonimana , A. Djimde
{"title":"Polymorphisme du gène coronine du Plasmodium falciparum dans les populations naturelles du P. falcifarum au Mali","authors":"D. Niyomwungere ,&nbsp;A. Dara ,&nbsp;D. Habonimana ,&nbsp;A. Djimde","doi":"10.1016/j.respe.2023.101906","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"<div><h3>Introduction</h3><p>L’émergence de la résistance aux combinaisons thérapeutiques à base d'artémisinine (CTA) découverte au Cambodge en Asie de Sud Est menace le contrôle du paludisme dans le monde entier. Pour cela, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) recommande la surveillance serrée de l'efficacité de ces CTA pour chercher les marqueurs de résistance mais aussi ceux potentiels. De ce fait, trois mutations (G50E, R100K, E107V) du gène coronine du <em>P. falciparum</em> ont été associées à la résistance de la dihydroartémisinine <em>in vitro</em> dans les lignées sénégalaises en 2018. Malheureusement, la prévalence de ces mutations dans les populations naturelles du <em>P. falciparum</em> au Mali reste inconnue. Notre étude documentait la présence de ce marqueur potentiel de la résistance aux CTA au Mali.</p></div><div><h3>Méthodes</h3><p>Nous avons fait une analyse secondaire à partir de 178 séquences de génomes entiers des isolants du <em>P. falciparum</em>. Ces isolants ont été collectés dans deux sites du Mali, Bougoula-Hammeau et Faladjè, dans une étude longitudinale prospective conduite à partir d'octobre 2015 jusqu’à mars 2016 auprès des patients âgés de 6 ans et plus. L'objectif de cette étude était de comparer le temps de clairance parasitaire après un traitement par monothérapie à l'artésunate de cas de paludisme non compliqué dans deux régions différentes du Mali. Des échantillons prélevés au J0 avant l'instauration du traitement ont été envoyés au Wellcome Sanger Institute (Wellcome Genome Campus, Hinxton, Royaume-Uni) pour le séquençage du génome entier pour rechercher des marqueurs moléculaires de la résistance aux médicaments. Ces séquences ont été stockées et conservées dans le serveur du DELGEME au Mali. Sous l'autorisation du programme DELGEME, nous avons réanalysé ces données à l'aide des outils bio-informatiques pour documenter ce marqueur potentiel.</p></div><div><h3>Résultats</h3><p>Après l'exploitation de ces données, aucune des mutations du gène coronine associées à la résistance de la Dihydroartémisnine au Sénégal n'a été trouvée. Mais deux autres mutations non synonymes ((A151L, G505G) ont été isolées.</p></div><div><h3>Conclusion</h3><p>Ces résultats donnent une information de base sur le polymorphisme du gène coronine de <em>P. falcifarum</em> au Mali</p></div>","PeriodicalId":21346,"journal":{"name":"Revue D Epidemiologie Et De Sante Publique","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":1.2000,"publicationDate":"2023-09-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Revue D Epidemiologie Et De Sante Publique","FirstCategoryId":"3","ListUrlMain":"https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0398762023004911","RegionNum":4,"RegionCategory":"医学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"Q4","JCRName":"PUBLIC, ENVIRONMENTAL & OCCUPATIONAL HEALTH","Score":null,"Total":0}
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Abstract

Introduction

L’émergence de la résistance aux combinaisons thérapeutiques à base d'artémisinine (CTA) découverte au Cambodge en Asie de Sud Est menace le contrôle du paludisme dans le monde entier. Pour cela, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) recommande la surveillance serrée de l'efficacité de ces CTA pour chercher les marqueurs de résistance mais aussi ceux potentiels. De ce fait, trois mutations (G50E, R100K, E107V) du gène coronine du P. falciparum ont été associées à la résistance de la dihydroartémisinine in vitro dans les lignées sénégalaises en 2018. Malheureusement, la prévalence de ces mutations dans les populations naturelles du P. falciparum au Mali reste inconnue. Notre étude documentait la présence de ce marqueur potentiel de la résistance aux CTA au Mali.

Méthodes

Nous avons fait une analyse secondaire à partir de 178 séquences de génomes entiers des isolants du P. falciparum. Ces isolants ont été collectés dans deux sites du Mali, Bougoula-Hammeau et Faladjè, dans une étude longitudinale prospective conduite à partir d'octobre 2015 jusqu’à mars 2016 auprès des patients âgés de 6 ans et plus. L'objectif de cette étude était de comparer le temps de clairance parasitaire après un traitement par monothérapie à l'artésunate de cas de paludisme non compliqué dans deux régions différentes du Mali. Des échantillons prélevés au J0 avant l'instauration du traitement ont été envoyés au Wellcome Sanger Institute (Wellcome Genome Campus, Hinxton, Royaume-Uni) pour le séquençage du génome entier pour rechercher des marqueurs moléculaires de la résistance aux médicaments. Ces séquences ont été stockées et conservées dans le serveur du DELGEME au Mali. Sous l'autorisation du programme DELGEME, nous avons réanalysé ces données à l'aide des outils bio-informatiques pour documenter ce marqueur potentiel.

Résultats

Après l'exploitation de ces données, aucune des mutations du gène coronine associées à la résistance de la Dihydroartémisnine au Sénégal n'a été trouvée. Mais deux autres mutations non synonymes ((A151L, G505G) ont été isolées.

Conclusion

Ces résultats donnent une information de base sur le polymorphisme du gène coronine de P. falcifarum au Mali

马里恶性疟原虫自然种群中恶性疟原虫coronin基因的多态性
在柬埔寨东南亚发现的青蒿素类联合疗法(ATC)耐药性的出现威胁着全球疟疾控制。为此,世界卫生组织(WHO)建议密切监测这些CTA的有效性,以寻找耐药性标志物和潜在标志物。因此,2018年,恶性疟原虫冠状动脉基因的三个突变(G50E、R100K、E107V)与塞内加尔品系体外二氢青蒿素耐药性相关。不幸的是,这些突变在马里恶性疟原虫自然种群中的流行率仍然未知。我们的研究记录了马里存在这种潜在的CTA抗性标志物。方法我们对恶性疟原虫分离株的178个全基因组序列进行了二次分析。在2015年10月至2016年3月对6岁及以上患者进行的前瞻性纵向研究中,在马里的两个地点Bougoula Hammeau和Faladjè收集了这些绝缘体。本研究的目的是比较马里两个不同地区的非复杂疟疾病例使用青蒿琥酯单药治疗后的寄生虫清除时间。治疗开始前在J0采集的样本被送往Wellcome Sanger研究所(英国辛克斯顿Wellcome基因组校区)进行全基因组测序,以寻找耐药性的分子标记。这些序列存储并保存在马里的Delgeme服务器上。在DELGEME计划的授权下,我们使用生物信息学工具重新分析了这些数据,以记录这一潜在标志物。结果利用这些数据后,在塞内加尔未发现与二氢青蒿素耐药性相关的冠状动脉基因突变。但还分离出另外两个非同义突变(A151L、G505G)。结论结果为马里恶性疟原虫冠状基因多态性提供了基本信息
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来源期刊
Revue D Epidemiologie Et De Sante Publique
Revue D Epidemiologie Et De Sante Publique 医学-公共卫生、环境卫生与职业卫生
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期刊介绍: The Journal of Epidemiology and Public Health maintains and deepens its own work through the diversity of methodologies and disciplines covered in each issue. The journal also offers pedagogical articles for teachers and students. Articles can be submitted in French or English. Discover a variety of information through : - research articles and reviews, - all disciplines: epidemiology, health economics, - various subjects: cancer, nutrition, aging, - and a wide geographical scope.
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