Análisis del acoplamiento molecular de las moléculas Baicaleína y Baicalina como posibles bloqueantes de la trimerización de la glicoproteína de la espiga del SARS-CoV2

Abstract

La glicoproteína de la espiga (S) del SARS-CoV2 se encuentra involucrada en el proceso de reconocimiento e infección viral. Debido a esto, la comunidad científica lo considera como blanco para la búsqueda de moléculas bioactivas de origen natural para combatir la Covid-19. Los flavonoides baicaleína y baicalina presentan actividades antivirales contra una gran cantidad de virus, por lo que son buenos candidatos para estudiar su efecto antiviral contra el SARS-CoV2. A fin de identificar y caracterizar in silico las afinidades de interacción de los flavonoides baicaleína y baicalina en el sitio de trimerización de la espiga del SARS-CoV2, se llevaron a cabo pruebas de simulaciones computacionales de acoplamiento molecular entre estos flavonoides y la estructura proteica de la espiga viral en conformaciones cerrada y abierta del ectodominio RBD. Los resultados evidenciaron a la baicaleína en interacción favorable en sitios proximales a la región de trimerización de la proteína, con una ?Gb= -9,12±0,39 kcal.mol-1 y la participación activa de los residuos Arg995, Asp994, Thr998 y Tyr756. Sin embargo, la baicalina demostró afinidad de acoplamiento significativamente favorable (p<0,001) con el sitio de trimerización de esta glicoproteína, con un ?Gb=-9,58±0,18 kcal.mol-1 y la participación activa de los residuos Pro728, Glu780, Ala1020, Leu1024, Lys1028 y Ser1030. Estos hallazgos sugieren que la presencia de ambos flavonoides en interacción con la región de trimerización o en sitios proximales a esta, podrían bloquear el proceso de ensamblaje de esta proteína viral pudiendo interferir con el ciclo replicativo viral, por lo tanto, ambas moléculas pueden ser consideradas como potenciales candidatos para posteriores estudios experimentales.