Estructura y variabilidad genética del bisonte americano (Bison bison) en México

IF 0.7 4区 农林科学 Q3 AGRICULTURE, DAIRY & ANIMAL SCIENCE
J. Domínguez-Viveros, Guadalupe Nelson Aguilar-Palma, Rafael Villa-Angulo, Nancy Hernández-Rodríguez, José Manuel Pérez-Cantú, Flora Moir, Pedro Calderón-Domínguez
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Abstract

Los objetivos fueron analizar la estructura y variabilidad genética del bisonte americano con marcadores genéticos de tipo SNP. Se muestrearon 174 bisontes y se analizaron 42,366 SNP distribuidos en los 29 cromosomas. Se estimó la heterocigosis esperada (He) y observada (Ho), contenido de información polimórfica (CIP), índice de fijación (FIS), índice de Shannon (IS), desequilibrio de ligamiento y relación de parentesco (Rij; %), así como el tamaño efectivo de población (Ne). Se realizó un análisis de estructura genética para inferir cuántas líneas o genomas (k) definen la población. Se identificó y seleccionó un panel con 2,135 SNP polimórficos, con un promedio de 74 SNP por cromosoma. En el proceso de exclusión,  84.5 % fueron monomórficos,  8.5 % con porcentaje de usables menor a 90 %, 6.3 % con frecuencia del alelo menor inferior a 0.01 y 0.70 % por desequilibrio Hardy-Weinberg (P<0.05). Las estimaciones de IS, Ho, He, FIS y CIP fueron de 0.30, 0.187, 0.182, -0.029 y 0.152, respectivamente. Se generaron 15,051 estimaciones de Rij, el valor promedio de éstas fue 7.6 %, y el 45.1 % de ellas fue igual a cero. El Ne fue de 12.5, señalando un posible incremento de consanguinidad por generación de 4 %. Se identificaron tres líneas genéticas, con proporciones de 0.730, 0.157 y 0.113; dado el origen de la población, se asocian a selección natural o deriva genética. La variabilidad genética, así como los niveles de la Rij, se deben de considerar en esquemas de conservación.
墨西哥美洲野牛的结构和遗传变异
本研究的目的是利用SNP型遗传标记分析美洲野牛的结构和遗传变异。对174只野牛进行了抽样,分析了分布在29条染色体上的42366个SNP。我们估计了预期杂合子(He)和观察杂合子(Ho)、多态信息含量(CIP)、固定指数(FIS)、Shannon指数(IS)、不平衡连接和亲缘关系(Rij);(%)以及有效人口规模(Ne)。进行了遗传结构分析,以推断有多少系或基因组(k)定义了群体。我们鉴定并选择了一个有2135个多态性SNP的小组,平均每条染色体有74个SNP。在排除过程中,84.5%为单型,8.5%的可用性百分比小于90%,6.3%的小等位基因频率小于0.01,0.70%为哈迪-温伯格失衡(P<0.05)。在本研究中,我们分析了两种不同的方法,一种是在不同的地区进行的,另一种是在不同的地区进行的。在本研究中,我们使用了一种名为Rij的方法,该方法使用了一种名为Rij的方法,使用了一种名为Rij的方法,使用了一种名为Rij的方法。Ne为12.5,表明每代可能增加4%的近亲繁殖。鉴定出3个遗传系,比例分别为0.730、0.157和0.113;考虑到种群的起源,它们与自然选择或遗传漂变有关。在保护方案中应考虑遗传变异以及Rij水平。
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Revista Mexicana de Ciencias Pecuarias
Revista Mexicana de Ciencias Pecuarias AGRICULTURE, DAIRY & ANIMAL SCIENCE-
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期刊介绍: The MEXICAN MAGAZINE OF SCIENCES PECUARIAS is an organ of scientific and technical diffusion of the livestock sector. Its periodicity is quarterly and arbitrated by pairs in the double-blind mode. Its objective is to make known the results of the research carried out by any scientific institution, in Mexico and in any part of the world, related to the livestock sciences, particularly those that refer to the different disciplines of Veterinary Medicine and Animal Science. The Journal is bilingual, publishes the complete articles in Spanish or English and is included in various indexing services and international dissemination platforms, such as the Index of Mexican Journals of Scientific and Technological Research of the National Council of Science and Technology (CONACYT); In the EBSCO Host database; In the Network of Scientific Journals of Latin America and the Caribbean, Spain and Portugal (RedALyC); In the Ibero-American Network of Scientific Journals of Free Access Veterinary Medicine. Indexed in the ISI Journal Citation Report Science Edition; And Elsevier''s SCOPUS and EMBASE indices.
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