474Molecular Docking Senyawa Jahe Merahdan Kunyit pada Dense Granules Protein-1Toxoplasma gondii dengan Metode In Silico

F. Ekawasti, Siti Sa’diah, U. Cahyaningsih, N. Dharmayanti, D. Subekti
{"title":"474Molecular Docking Senyawa Jahe Merahdan Kunyit pada Dense Granules Protein-1Toxoplasma gondii dengan Metode In Silico","authors":"F. Ekawasti, Siti Sa’diah, U. Cahyaningsih, N. Dharmayanti, D. Subekti","doi":"10.19087/jveteriner.2021.22.4.474","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Toksoplasmosis merupakan penyakit zoonosis yang disebabkan oleh parasit Toxoplasma gondii yang berdistribusi luas di seluruh dunia. Penyakit ini, selain mengkhawatirkan manusia juga dapat berdampak pada ekonomi peternakan karena menyebabkan penurunan produksi, gangguan pertumbuhan dan fertilitas termasuk aborsi, prematur, dan lahir mati. Prevalensi toxoplasmosis di Indonesia sangat tinggi, pada manusia sekitar 40–85%, dan pada hewan berkisar antara 5–80%. Jahe merah dan kunyit merupakan tanaman zingiberaceae yang mengandung antioksidan tinggi, yang diketahui memiliki aktivitas menghambat proses inflamasi dan berpotensi sebagai anti-toxoplasma. Namun, sampai saat ini belum diketahui mekanisme kerja senyawa aktif kunyit dan jahe merah dalam berikatan dengan reseptor protein T. gondii sebagai target pada terapi toxoplasmosis. Dilakukan uji aktivitas senyawa yang terkandung dalam jahe merah dan kunyit sebagai anti-toxoplasma terhadap protein GRA1 T. gondii dengan molecular docking secara in silico. Protein GRA1 berperan penting dalam kelangsungan hidup T. gondii. Preparasi data dasar dari struktur protein GRA1 menggunakan software PyRx, preparasi dan optimasi struktur 3D ligan jahe merah dan kunyit menggunakan aplikasi web server SWISS model prediction, serta metode molecular docking dan docking ligan pada protein GRA1 menggunakan software Autodock Vina. Hasil simulasi menunjukkan bahwa senyawa pada jahe merah dan kunyit memiliki potensi sebagai anti toxoplasmosis. Senyawa potensial demethoxycurcumin pada kunyit memiliki nilai binding affinity dan interaksi ikatan yang paling kuat terhadap protein GRA1 T. gondii.","PeriodicalId":17749,"journal":{"name":"Jurnal Veteriner","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2021-12-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"1","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Jurnal Veteriner","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.19087/jveteriner.2021.22.4.474","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
引用次数: 1

Abstract

Toksoplasmosis merupakan penyakit zoonosis yang disebabkan oleh parasit Toxoplasma gondii yang berdistribusi luas di seluruh dunia. Penyakit ini, selain mengkhawatirkan manusia juga dapat berdampak pada ekonomi peternakan karena menyebabkan penurunan produksi, gangguan pertumbuhan dan fertilitas termasuk aborsi, prematur, dan lahir mati. Prevalensi toxoplasmosis di Indonesia sangat tinggi, pada manusia sekitar 40–85%, dan pada hewan berkisar antara 5–80%. Jahe merah dan kunyit merupakan tanaman zingiberaceae yang mengandung antioksidan tinggi, yang diketahui memiliki aktivitas menghambat proses inflamasi dan berpotensi sebagai anti-toxoplasma. Namun, sampai saat ini belum diketahui mekanisme kerja senyawa aktif kunyit dan jahe merah dalam berikatan dengan reseptor protein T. gondii sebagai target pada terapi toxoplasmosis. Dilakukan uji aktivitas senyawa yang terkandung dalam jahe merah dan kunyit sebagai anti-toxoplasma terhadap protein GRA1 T. gondii dengan molecular docking secara in silico. Protein GRA1 berperan penting dalam kelangsungan hidup T. gondii. Preparasi data dasar dari struktur protein GRA1 menggunakan software PyRx, preparasi dan optimasi struktur 3D ligan jahe merah dan kunyit menggunakan aplikasi web server SWISS model prediction, serta metode molecular docking dan docking ligan pada protein GRA1 menggunakan software Autodock Vina. Hasil simulasi menunjukkan bahwa senyawa pada jahe merah dan kunyit memiliki potensi sebagai anti toxoplasmosis. Senyawa potensial demethoxycurcumin pada kunyit memiliki nilai binding affinity dan interaksi ikatan yang paling kuat terhadap protein GRA1 T. gondii.
弓形虫病是一种由弓形虫引起的人畜共患疾病,广泛分布于世界各地。除了人类的担忧外,这种疾病还可能影响农业经济,因为产量下降、生长和生育障碍,包括堕胎、早产和死亡。在印度尼西亚,弓形虫病的患病率非常高,人类约为40-85%,动物约为5-80%。红橡树和兔子是姜科植物,含有高抗氧化剂,已知抗氧化剂具有抑制炎症过程的活性,可能是抗弓形虫的活性。然而,兔和红颚的真菌活性联合作用与弓形虫蛋白受体的作用机制尚不清楚,尚不清楚弓形虫病治疗的靶点。用分子对接法在计算机上测试红果冻和兔中含有的抗弓形虫的化合物对GRA1弓形虫蛋白的活性。GRA1蛋白在弓形虫的生存中起着重要作用。使用PyRx软件从GRA1蛋白结构制备基本数据,使用SWISS网络服务器模型预测应用程序制备和优化红果冻配体和兔子的3D结构,以及使用Autodock Vina软件在GRA1蛋白上进行配体的分子对接和对接方法。模拟结果表明,红果冻和家兔上的化合物具有抗弓形虫的潜力。兔体内潜在的去甲氧基姜黄素肥料具有结合亲和力,并且与GRA1弓形虫蛋白的结合相互作用最强。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
求助全文
约1分钟内获得全文 求助全文
来源期刊
自引率
0.00%
发文量
0
审稿时长
24 weeks
×
引用
GB/T 7714-2015
复制
MLA
复制
APA
复制
导出至
BibTeX EndNote RefMan NoteFirst NoteExpress
×
提示
您的信息不完整,为了账户安全,请先补充。
现在去补充
×
提示
您因"违规操作"
具体请查看互助需知
我知道了
×
提示
确定
请完成安全验证×
copy
已复制链接
快去分享给好友吧!
我知道了
右上角分享
点击右上角分享
0
联系我们:info@booksci.cn Book学术提供免费学术资源搜索服务,方便国内外学者检索中英文文献。致力于提供最便捷和优质的服务体验。 Copyright © 2023 布克学术 All rights reserved.
京ICP备2023020795号-1
ghs 京公网安备 11010802042870号
Book学术文献互助
Book学术文献互助群
群 号:481959085
Book学术官方微信