RAS癌基因介导的转录组失调:从分子特征到功能

癌细胞的转录组分析已经发展成为阐明恶性过程的多种特征和将基因表达与临床特性联系起来的标准程序。基于微阵列的基因表达谱提供了本质上相关的信息，需要转移到功能水平，以便了解作为基因特征元素的单个基因或基因组的活性和贡献。迄今为止，在基因表达谱的功能理解方面存在显著的差距。此外，驱动癌细胞特征的深刻转录改变的过程主要是难以捉摸的。我们使用来自RAS癌基因转化细胞和表达RAS的癌细胞的通路限制性基因表达谱来鉴定MAPK通路下游的调节因子。我们描述了表观遗传调控的作用，例如在通用细胞系和结直肠癌细胞中控制几个免疫基因，特别是信号传导和DNA甲基化之间的功能相互作用。此外，我们评估了建筑转录因子高迁移率AT-hook 2 (HMGA2)作为卵巢上皮细胞ras应答转录组的调节因子的作用。最后，我们描述了一种结合结直肠癌细胞通路干扰、基因表达谱和失调控靶基因调控元件计算分析的综合方法。这一策略导致Y-box结合蛋白1 (YBX1)被鉴定为mapk依赖性增殖和基因表达的调节因子。本文讨论了HMGA2基因沉默治疗应用的意义和YBX1作为预后因素的作用。