创始品种对灿灿牛基因型植入准确性的影响。

基因型插入是一种基于参考面板推断未观察到的基因型的技术，允许增加标记密度和成本效益优化基因组选择。本研究旨在评价纳入创始品种Nelore （NE）和Charolais （CH）的基因型是否能提高复合肉牛品种Canchim （CA）的归算精度。研究群体包括804只NE、897只CH和392只CA动物，所有动物都使用高密度板（777,962个SNP -单核苷酸多态性）进行基因分型。CA动物的基因型被掩盖以模拟中密度面板（54,609 SNP）。根据品种、性别、出生年份和血统的不同，评估了14种归因情况。根据正确输入基因型的百分比（PERC）和观察到的基因型与输入基因型之间的平方Pearson相关（R2）来确定输入准确性。PERC值为66.52% ~ 97.39%，R²值为0.6352 ~ 0.9780。以NE、CH和CA（雄性或2004年以前出生的动物）作为参考种群来推算CA的情景中，雌性或2004年以后出生的CA动物的推算精度最高。因此，在参考群体中使用创始品种可以提高CA牛基因型插入的准确性。结果表明，一个包含创始品种的多品种参考群体可以为组合牛的归因提供更可靠和信息丰富的遗传基础。