A family case of a rare Xq28 duplication.

IF 1 Q3 AGRICULTURE, MULTIDISCIPLINARY
A E Kopytova, E N Tolmacheva, D A Emelina, O S Glotov, V V Miroshnikova, T S Usenko, O Yu Vasilyeva, I V Makarov, A D Lobanov, G E Mazo, S N Pchelina, I N Lebedev
{"title":"A family case of a rare Xq28 duplication.","authors":"A E Kopytova, E N Tolmacheva, D A Emelina, O S Glotov, V V Miroshnikova, T S Usenko, O Yu Vasilyeva, I V Makarov, A D Lobanov, G E Mazo, S N Pchelina, I N Lebedev","doi":"10.18699/vjgb-25-69","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"<p><p>Genetic factors contribute to the etiology of intellectual disability in 25-50 % of cases. Chromosomal abnormalities, such as microdeletions and microduplications, are the most significant genetic causes. We examined a family where two boys, aged 8 and 7, were diagnosed with mild intellectual disability. Using array-based comparative genomic hybridization, we detected a duplication of Xq28 in both brothers on the X chromosome inherited from a healthy mother with skewed (88 %) X-chromosome inactivation. The size of the rearrangement is 439.6 kilobases (kb). Eight genes are located in this region, including F8, MTCP1, BRCC3, VBP1, RAB39B, CLIC2, FUNDC2, and CMC4. This chromosomal region overlaps with the region of Xq28 duplication syndrome (OMIM 300815), characterized by intellectual disability, behavioral and psychiatric disorders, recurrent infections, atopic diseases, and specific facial features in affected male individuals. Whole-exome sequencing did not reveal pathogenic or likely pathogenic variants associated with neurodevelopmental disorders. These disorders have been previously linked to X-linked recessive single-nucleotide variants in RAB39B (OMIM 300271, 311510) and CLIC2 (OMIM 300886). An assessment of the clinical significance of the identified duplication, using the AutoCNV internet resource and original data, allowed us to classify this variant as pathogenic. This implies that the identified duplication may be the cause of intellectual disability in patients.К настоящему времени известно, что на долю генетических факторов, вносящих вклад в этиоло- гию нарушения интеллектуального развития, приходится от 25 до 50 % случаев. Среди генетических причин наиболее существенную роль играют хромосомные аномалии, в том числе микроделеции и микродупли- кации. Нами обследована семья, в которой у двух мальчиков в возрасте 8 и 7 лет диагностирована легкая интеллектуальная недостаточность. С помощью матричной сравнительной геномной гибридизации у обоих братьев была обнаружена дупликация Xq28. Мать мальчиков является носительницей такой же дупликации с 88 % смещением инактивации Х-хромосомы. Размер перестройки составил 439.6 т. п. н. В данном регионе локализовано восемь генов (F8, MTCP1, BRCC3, VBP1, RAB39B, CLIC2, FUNDC2, CMC4). Рассматриваемый хромо- сомный регион перекрывается с областью синдрома дупликации Xq28 (OMIM 300815), характеризующегося интеллектуальной недостаточностью, поведенческими и психиатрическими нарушениями, рецидивирую- щими инфекциями, атопическими заболеваниями и характерными чертами лица у мужчин. Ранее описаны нарушения интеллектуального развития, обусловленные рецессивными однонуклеотидными вариантами в генах RAB39B (OMIM 300271, OMIM 311510) и CLIC2 (OMIM 300886). Полноэкзомное секвенирование не выяви- ло дополнительных патогенных и потенциально патогенных вариантов, ассоциированных с нарушениями интеллектуального развития. Оценка клинической значимости обнаруженной дупликации с помощью ин- тернет-ресурса AutoCNV и собственных данных позволила классифицировать этот вариант как патогенный, что предполагает, что он может быть причиной интеллектуальной недостаточности у пациентов.</p>","PeriodicalId":44339,"journal":{"name":"Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii","volume":"29 5","pages":"636-643"},"PeriodicalIF":1.0000,"publicationDate":"2025-09-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC12457710/pdf/","citationCount":"0","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.18699/vjgb-25-69","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"Q3","JCRName":"AGRICULTURE, MULTIDISCIPLINARY","Score":null,"Total":0}
引用次数: 0

Abstract

Genetic factors contribute to the etiology of intellectual disability in 25-50 % of cases. Chromosomal abnormalities, such as microdeletions and microduplications, are the most significant genetic causes. We examined a family where two boys, aged 8 and 7, were diagnosed with mild intellectual disability. Using array-based comparative genomic hybridization, we detected a duplication of Xq28 in both brothers on the X chromosome inherited from a healthy mother with skewed (88 %) X-chromosome inactivation. The size of the rearrangement is 439.6 kilobases (kb). Eight genes are located in this region, including F8, MTCP1, BRCC3, VBP1, RAB39B, CLIC2, FUNDC2, and CMC4. This chromosomal region overlaps with the region of Xq28 duplication syndrome (OMIM 300815), characterized by intellectual disability, behavioral and psychiatric disorders, recurrent infections, atopic diseases, and specific facial features in affected male individuals. Whole-exome sequencing did not reveal pathogenic or likely pathogenic variants associated with neurodevelopmental disorders. These disorders have been previously linked to X-linked recessive single-nucleotide variants in RAB39B (OMIM 300271, 311510) and CLIC2 (OMIM 300886). An assessment of the clinical significance of the identified duplication, using the AutoCNV internet resource and original data, allowed us to classify this variant as pathogenic. This implies that the identified duplication may be the cause of intellectual disability in patients.К настоящему времени известно, что на долю генетических факторов, вносящих вклад в этиоло- гию нарушения интеллектуального развития, приходится от 25 до 50 % случаев. Среди генетических причин наиболее существенную роль играют хромосомные аномалии, в том числе микроделеции и микродупли- кации. Нами обследована семья, в которой у двух мальчиков в возрасте 8 и 7 лет диагностирована легкая интеллектуальная недостаточность. С помощью матричной сравнительной геномной гибридизации у обоих братьев была обнаружена дупликация Xq28. Мать мальчиков является носительницей такой же дупликации с 88 % смещением инактивации Х-хромосомы. Размер перестройки составил 439.6 т. п. н. В данном регионе локализовано восемь генов (F8, MTCP1, BRCC3, VBP1, RAB39B, CLIC2, FUNDC2, CMC4). Рассматриваемый хромо- сомный регион перекрывается с областью синдрома дупликации Xq28 (OMIM 300815), характеризующегося интеллектуальной недостаточностью, поведенческими и психиатрическими нарушениями, рецидивирую- щими инфекциями, атопическими заболеваниями и характерными чертами лица у мужчин. Ранее описаны нарушения интеллектуального развития, обусловленные рецессивными однонуклеотидными вариантами в генах RAB39B (OMIM 300271, OMIM 311510) и CLIC2 (OMIM 300886). Полноэкзомное секвенирование не выяви- ло дополнительных патогенных и потенциально патогенных вариантов, ассоциированных с нарушениями интеллектуального развития. Оценка клинической значимости обнаруженной дупликации с помощью ин- тернет-ресурса AutoCNV и собственных данных позволила классифицировать этот вариант как патогенный, что предполагает, что он может быть причиной интеллектуальной недостаточности у пациентов.

罕见的Xq28基因重复的家族病例。
25- 50%的智力残疾病例的病因是遗传因素造成的。染色体异常,如微缺失和微重复,是最重要的遗传原因。我们调查了一个家庭,这个家庭有两个男孩,一个8岁,一个7岁,被诊断为轻度智力残疾。使用基于阵列的比较基因组杂交技术,我们在两个兄弟的X染色体上检测到Xq28的重复,该重复来自一个倾斜(88%)X染色体失活的健康母亲。重排大小为439.6千碱基(kb)。8个基因位于该区域,包括F8、MTCP1、BRCC3、VBP1、RAB39B、CLIC2、FUNDC2和CMC4。该染色体区域与Xq28重复综合征(OMIM 300815)区域重叠,该区域在受影响的男性个体中以智力残疾、行为和精神障碍、复发性感染、特应性疾病和特定面部特征为特征。全外显子组测序未发现与神经发育障碍相关的致病性或可能致病性变异。这些疾病先前与RAB39B (OMIM 300271, 311510)和CLIC2 (OMIM 300886)的x连锁隐性单核苷酸变异有关。利用AutoCNV网络资源和原始数据,对鉴定的重复的临床意义进行评估,使我们能够将该变异分类为致病性。这意味着被识别的重复可能是导致患者智力残疾的原因。Кнастоящемувремениизвестно,чтонадолюгенетическихфакторов,вносящихвкладвэтиоло——гиюнарушенияинтеллектуальногоразвития,приходитсяот25д50%ослучаев。Средигенетическихпричиннаиболеесущественнуюрольиграютхромосомныеаномалии,втомчислемикроделецииимикродупли-кации。Намиобследованасемья,вкоторойудвухмальчиковввозрасте8и7летдиагностированалегкаяинтеллектуальнаянедостаточность。Спомощьюматричнойсравнительнойгеномнойгибридизацииуобоихбратьевбылаобнаруженадупликация中Xq28。Матьмальчиковявляетсяносительницейтакойжедупликациисс88%мещениеминактивацииХ——хромосомы。Размер перестройки составил 439.6 et。п。н。Вданномрегионелокализовановосемьгенов(F8, MTCP1 BRCC3, VBP1, RAB39B, CLIC2, FUNDC2, CMC4)。Рассматриваемыйхромо——сомныйрегионперекрываетсясобластьюсиндромадупликации中Xq28(300815年人类),характеризующегосяинтеллектуальнойнедостаточностью,поведенческимиипсихиатрическиминарушениями,рецидивирую——щимиинфекциями,атопическимизаболеваниямиихарактернымичертамилицаумужчин。Ранееописанынарушенияинтеллектуальногоразвития,обусловленныерецессивнымиоднонуклеотиднымивариантамивгенахRAB39B(311510年300271年人类,人类)иCLIC2(人类300886)。Полноэкзомноесеквенированиеневыяви——лодополнительныхпатогенныхипотенциальнопатогенныхвариантов,ассоциированныхснарушениямиинтеллектуальногоразвития。Оценкаклиническойзначимостиобнаруженнойдупликацииспомощьюин——тернет——ресурсаAutoCNVисобственныхданныхпозволилаклассифицироватьэтотварианткакпатогенный,чтопредполагает,чтоонможетбытьпричинойинтеллектуальнойнедостаточностиупациентов。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
求助全文
约1分钟内获得全文 求助全文
来源期刊
Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii
Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii AGRICULTURE, MULTIDISCIPLINARY-
CiteScore
1.90
自引率
0.00%
发文量
119
审稿时长
8 weeks
期刊介绍: The "Vavilov Journal of genetics and breeding" publishes original research and review articles in all key areas of modern plant, animal and human genetics, genomics, bioinformatics and biotechnology. One of the main objectives of the journal is integration of theoretical and applied research in the field of genetics. Special attention is paid to the most topical areas in modern genetics dealing with global concerns such as food security and human health.
×
引用
GB/T 7714-2015
复制
MLA
复制
APA
复制
导出至
BibTeX EndNote RefMan NoteFirst NoteExpress
×
提示
您的信息不完整,为了账户安全,请先补充。
现在去补充
×
提示
您因"违规操作"
具体请查看互助需知
我知道了
×
提示
确定
请完成安全验证×
copy
已复制链接
快去分享给好友吧!
我知道了
右上角分享
点击右上角分享
0
联系我们:info@booksci.cn Book学术提供免费学术资源搜索服务,方便国内外学者检索中英文文献。致力于提供最便捷和优质的服务体验。 Copyright © 2023 布克学术 All rights reserved.
京ICP备2023020795号-1
ghs 京公网安备 11010802042870号
Book学术文献互助
Book学术文献互助群
群 号:604180095
Book学术官方微信