代谢物的发现在源内碎片化中盛行

可检测的“暗代谢组”，或非靶向代谢组学中未注释的信号，已成为争论的焦点。Giera等人最近发表在《自然-代谢》杂志上的通信认为，液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）数据中大多数未注释的信号是源内片段（isf），因此是测量伪产物，而不是新分子。这一说法是基于观察到的，在93.1万个分子标准中，使用碰撞诱导解离在0 eV下检测到的离子中有70%是isf，这导致了暗代谢组可能比以前认为的要小，甚至不存在的解释1,2,3。然而，既没有方法上的细节，也没有数据来证实这一说法。媒体头条，如“黑暗代谢组：我们碎片化的虚构？”2、放大了轰动效应。然而，过去的研究强调，这些结论取决于仪器、调谐、样品类型、基质、提取方法、分析物浓度和数据分析：这些研究报告了ISF对所有检测到的离子的贡献为2-25%。为了最小化isf，一些仪器有专用的软离子传输模式，尽管这会降低灵敏度。大量证据表明，新的代谢物和生化途径正在不断被发现，甚至在大肠杆菌、人类和小鼠等研究充分的生物中也是如此7,8,9。我们对经过充分研究的美国国家标准与技术研究所（NIST）人类粪便参考标准数据集的分析显示，即使在考虑了所有离子形式之后，82%的分子在使用保留时间、质谱/质谱信息和峰形分析来估计它们所代表的分子数量时缺乏任何离子形式的注释（图1d，e）。这一结果强调了黑暗代谢组的持久存在，即使在完全表征的生物体中也是如此。最近在代谢组学中越来越多地采用强大的生物信息学和数据科学技术，这推动了新的代谢物的发现，如图1f，g所示（图1f，g），加强了等待发现的相当大的暗代谢组的存在。