发现长链非编码rna的关键功能

人类基因组包含数以千计的长链非编码rna (lncrna)，其中很少与功能作用有关。尽管靶向dna的CRISPR筛选已经鉴定出功能性lncRNA，但这些筛选的特异性有限，因为基于dna的lncRNA位点的扰动也可能抑制附近的蛋白质编码基因和其他调控元件。在Cell中，Liang等人克服了这一限制。他们使用靶向rna的Cas13核酸酶开发了一种靶向lncRNA的转录组级CRISPR扰动筛选，并鉴定出具有上下文特异性或广泛必要性的778种lncRNA。作者系统地鉴定了必需的lncrna，同时评估了附近蛋白质编码基因的必要性。他们构建了一个大约75000个引导rna的文库，目标是6199个lncrna和4390个蛋白质编码转录物。比较五种人类细胞系中lncrna缺失对细胞生长的影响，揭示了共享的和细胞类型特异性的必需lncrna。在778个必需lncrna中，61%是细胞类型特异性的，33%在几个细胞系中共享，6%在所有被测试的细胞系中共享。这些普遍必需的转录本包含了先前描述过的几种lncrna，包括MALAT1和MIR17HG，以及许多新的lncrna。有趣的是，Liang等人表明，大多数必需的lncrna独立于最近的蛋白质编码基因起作用。在机制上，他们发现必需的lncrna调节细胞增殖，并在发育的早期阶段在体内高度表达。此外，必要的lncrna往往在肿瘤中差异表达，这与生存相关。这种将lncrna与功能角色联系起来的系统方法为进一步评估非编码转录本奠定了基础，这可能会导致新的治疗靶点。