Pan-Cancer Analysis of Homologous Recombination Deficiency in Cell Lines.
IF 2
Q3 ONCOLOGY
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Abstract
Significance: HRD is common in cancer and can be exploited therapeutically, as it sensitizes cells to DNA-damaging agents. Here, we scored more than 1,300 cancer cell lines for HRD using two different bioinformatic approaches, thereby enabling large-scale analyses that provide insights into the etiology and features of HRD.
细胞系同源重组缺陷的泛癌症分析
同源重组缺陷（HRD）导致多种癌症类型的基因组不稳定，并使肿瘤易受 PARP 抑制剂等某些 DNA 损伤药物的影响。因此，HRD 正在成为肿瘤学中一种有吸引力的生物标记物。目前有多种硅学方法可用于预测HRD，但其中很少有方法能全面应用于细胞系。在这里，我们利用其中的两种方法--"CHORD "和 "HRDsum "评分--预测了1332个癌症细胞系和84个非癌症细胞系的HRD。编码同源重组途径关键成分的 BRCA1 或 BRCA2 发生双重复突变的细胞系显示出最强的 HRD 预测能力，从而验证了这两种方法在细胞系中的有效性。一小部分BRCA1/2野生型细胞系也被归类为HRD，其中一些细胞系显示了表观遗传学BRCA1沉默的证据。与患者样本中的 HRD 相似，细胞系中的 HRD 与 p53 缺失有关，与微卫星不稳定性互斥，最常发生在乳腺癌和卵巢癌类型中。除了验证之前确定的与HRD的关联外，我们还利用细胞系特异性数据集，对HRD及其与各种遗传依赖性和药物敏感性特征的关系有了新的认识。我们发现，在细胞系中，HRD 与乳腺癌患者对 PARP 抑制剂的敏感性有关，但在泛癌症水平上则无关。通过生成关于细胞系中 HRD 预测的大规模泛癌症数据集，我们旨在促进我们对 HRD 及其作为生物标记物的效用的理解。
本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。
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