SpliceMutr Enables Pan-Cancer Analysis of Splicing-Derived Neoantigen Burden in Tumors.

IF 2 Q3 ONCOLOGY

Cancer research communications Pub Date : 2024-12-01 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0309

Theron Palmer, Michael D Kessler, Xiaoshan M Shao, Archana Balan, Mark Yarchoan, Neeha Zaidi, Tamara Y Lopez-Vidal, Ali M Saeed, Jessica Gore, Nilofer S Azad, Elizabeth M Jaffee, Alexander V Favorov, Valsamo Anagnostou, Rachel Karchin, Daria A Gaykalova, Elana J Fertig, Ludmila Danilova

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Abstract

Significance: SpliceMutr shows that splicing antigenicity changes in response to ICI therapies and that native modulation of the splicing machinery through mutations increases the contribution of splicing to the neoantigen load of some The Cancer Genome Atlas cancer subtypes. Future studies of the relationship between splicing antigenicity and immune checkpoint inhibitor response pan-cancer are essential to establish the interplay between antigen heterogeneity and immunotherapy regimen on patient response.

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SpliceMutr 可对肿瘤中剪接衍生的新抗原负担进行泛癌分析。

背景：异常替代剪接可产生新抗原，而新抗原本身可刺激免疫反应和免疫监视。以往量化剪接衍生新抗原的方法受到独立参考文献和潜在批次效应的限制：在此，我们介绍一种生物信息学方法和管道--SpliceMutr，用于从肿瘤和正常数据中识别剪接衍生的新抗原。SpliceMutr 可帮助识别肿瘤特异性抗原剪接变体，预测 MHC 结合亲和力，并估算每个基因的剪接抗原性得分。通过将该工具应用于癌症基因组图谱（TCGA）的基因组数据，我们生成了每个样本和所有癌症类型的剪接衍生新抗原和新抗原性评分，并发现剪接抗原性与抗肿瘤免疫的成熟生物标志物之间存在许多相关性。值得注意的是，剪接机制基因突变的携带者具有更高的剪接抗原性，这为我们的方法提供了支持。对接受单一或联合免疫检查点抑制剂治疗的黑色素瘤患者队列中剪接抗原性的进一步分析表明，在治疗后病情进展的患者中，剪接抗原的丰度较基线有所降低。我们还观察到免疫疗法应答者的剪接抗原性增加，这可能与对剪接衍生抗原产生免疫应答的能力增强有关：我们发现肿瘤样本中的剪接抗原性高于正常样本，剪接机制的突变导致某些癌症中剪接抗原性的增加，而剪接抗原性的增加与免疫检查点抑制剂疗法的阳性反应有关。此外，这一新的计算管道为剪接抗原性提供了新的分析能力，并可公开用于进一步的免疫肿瘤学分析。

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Cancer research communications

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