Kolanjiyokarsinom ve Hepatoselüler Karsinom Hastalarında Farklı Genler Tarafından Tetiklenen Ortak Biyolojik Yolaklar

Celal bayar Üniversitesi sağlık bilimleri enstitüsü dergisi Pub Date : 2024-03-06 DOI:10.34087/cbusbed.1405966

Gizem Ayna Duran

{"title":"Kolanjiyokarsinom ve Hepatoselüler Karsinom Hastalarında Farklı Genler Tarafından Tetiklenen Ortak Biyolojik Yolaklar","authors":"Gizem Ayna Duran","doi":"10.34087/cbusbed.1405966","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Kolanjiyokarsinom (CHOL) erken teşhis edilmesi zor olan ve oldukça yüksek düzeyde öldürücü bir kanser türüdür. CHOL tanısında radyolojik görüntülemede kısıtlılıklar mevcuttur ve biyopsi ile tanı yöntemi gibi invaziv tanı yöntemleri dışında genetik tabanlı ve özgün biyobelirteçlerin belirlenmesi zorunlu hale gelmektedir. Literatürde bu amaçlar gerçekleştirilen çalışmalar çalışmalardan farklı olarak bizim çalışmamızda öncelikle intrahepatik (iCHOL) ve ekstrahepatik (eCHOL) kolanjiyokarsinom hastalarında ortak upregüle olan genler belirlenmiştir. Ayrıca çalışmamızda klinikte CHOL kanserlerinin LIHC kanserinden ayırt edici tanısının zor olması sebebiyle CHOL hastalarında hepatoselüler karsinomdan (LICH) farklı olarak ve LIHC hastaları ile ortak olarak upregüle edilen genlerin tespit edilmesi de amaçlanmıştır. Hastaların gen yoğunluk verileri NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) veri tabanından (GSE121248, GSE132305 ve GSE45001) sağlanmıştır. Çalışmada R LIMMA paketinde yer alan lineer modelleme yöntemi kullanılarak kanserli olan ve olmayan örnekler arasında upregüle genler (differentially expressed genes-DEGs) tespit edilmiştir. Tespit edilen genlerin hangi biyolojik yolaklara etki ettiğini belirlemek için Gen seti zenginleştirme analizi (Fonksiyonel zenginleştirme analizi) (GSEA) ShinyGO 0.80 webtool kullanılarak yapılmıştır. Sonuçlarımıza göre CHOL hastalarında LIHC hastalarından farklı olarak upregüle edilen 4 gene (F2R, ITGA11, LAMC2 ve LAMB3) odaklanılmıştır. CHOL ve LIHC hastalarında ise ortak olarak upregüle edilen 2 gen (COL1A1, ITGA2) tespit edilmiştir. Söz konusu genlerinin ortak olarak işaret ettiği biyolojik yolaklar PI3K-Akt sinyal yolağı ve ekstraselüler matriks (ECM)-reseptör etkileşimi süreçleridir. Belirlenen genler ile protein-protein ve ilaç etkileşim çalışmaları sonuçları klinik denemeler ile desteklenip CHOL ile LIHC kanserlerinin ayırt edilmesinde etkin bir şekilde hedeflenebilecektir.","PeriodicalId":476546,"journal":{"name":"Celal bayar Üniversitesi sağlık bilimleri enstitüsü dergisi","volume":"2 9","pages":""},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2024-03-06","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Celal bayar Üniversitesi sağlık bilimleri enstitüsü dergisi","FirstCategoryId":"0","ListUrlMain":"https://doi.org/10.34087/cbusbed.1405966","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}

引用次数: 0

Abstract

Kolanjiyokarsinom (CHOL) erken teşhis edilmesi zor olan ve oldukça yüksek düzeyde öldürücü bir kanser türüdür. CHOL tanısında radyolojik görüntülemede kısıtlılıklar mevcuttur ve biyopsi ile tanı yöntemi gibi invaziv tanı yöntemleri dışında genetik tabanlı ve özgün biyobelirteçlerin belirlenmesi zorunlu hale gelmektedir. Literatürde bu amaçlar gerçekleştirilen çalışmalar çalışmalardan farklı olarak bizim çalışmamızda öncelikle intrahepatik (iCHOL) ve ekstrahepatik (eCHOL) kolanjiyokarsinom hastalarında ortak upregüle olan genler belirlenmiştir. Ayrıca çalışmamızda klinikte CHOL kanserlerinin LIHC kanserinden ayırt edici tanısının zor olması sebebiyle CHOL hastalarında hepatoselüler karsinomdan (LICH) farklı olarak ve LIHC hastaları ile ortak olarak upregüle edilen genlerin tespit edilmesi de amaçlanmıştır. Hastaların gen yoğunluk verileri NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) veri tabanından (GSE121248, GSE132305 ve GSE45001) sağlanmıştır. Çalışmada R LIMMA paketinde yer alan lineer modelleme yöntemi kullanılarak kanserli olan ve olmayan örnekler arasında upregüle genler (differentially expressed genes-DEGs) tespit edilmiştir. Tespit edilen genlerin hangi biyolojik yolaklara etki ettiğini belirlemek için Gen seti zenginleştirme analizi (Fonksiyonel zenginleştirme analizi) (GSEA) ShinyGO 0.80 webtool kullanılarak yapılmıştır. Sonuçlarımıza göre CHOL hastalarında LIHC hastalarından farklı olarak upregüle edilen 4 gene (F2R, ITGA11, LAMC2 ve LAMB3) odaklanılmıştır. CHOL ve LIHC hastalarında ise ortak olarak upregüle edilen 2 gen (COL1A1, ITGA2) tespit edilmiştir. Söz konusu genlerinin ortak olarak işaret ettiği biyolojik yolaklar PI3K-Akt sinyal yolağı ve ekstraselüler matriks (ECM)-reseptör etkileşimi süreçleridir. Belirlenen genler ile protein-protein ve ilaç etkileşim çalışmaları sonuçları klinik denemeler ile desteklenip CHOL ile LIHC kanserlerinin ayırt edilmesinde etkin bir şekilde hedeflenebilecektir.

查看原文本刊更多论文

胆管癌和肝细胞癌患者不同基因引发的共同生物通路

胆管癌（Cholangiocarcinoma，CHOL）是一种致命性很高的癌症，很难早期诊断。放射成像在诊断胆管癌方面存在局限性，因此，除了活检诊断等侵入性诊断方法外，确定基于基因的特异性生物标志物就变得十分必要。与文献中的相关研究不同，在我们的研究中，我们首先确定了肝内胆管癌（iCHOL）和肝外胆管癌（eCHOL）患者的常见上调基因。此外，由于胆管癌与肝细胞癌的鉴别诊断在临床上比较困难，我们的研究还旨在确定胆管癌患者不同于肝细胞癌（LICH）的上调基因以及与肝细胞癌患者相同的上调基因。患者的基因密度数据来自 NCBI 基因表达总库（GEO）数据库（GSE121248、GSE132305 和 GSE45001）。在研究中，使用 R LIMMA 软件包中的线性建模方法确定了癌症样本和非癌症样本之间的上调基因（差异表达基因-DEGs）。使用 ShinyGO 0.80 网络工具进行了基因组富集分析（GSEA），以确定所发现的基因影响哪些生物通路。根据研究结果，我们重点研究了 CHOL 患者与 LIHC 患者不同的 4 个上调基因（F2R、ITGA11、LAMC2 和 LAMB3）。在CHOL和LIHC患者中，有2个基因（COL1A1、ITGA2）被共同上调。这些基因所代表的生物通路是PI3K-Akt信号通路和细胞外基质（ECM）-受体相互作用过程。这些基因的蛋白相互作用和药物相互作用研究结果将为临床试验提供支持，并可有效地用于区分CHOL和LIHC癌症。

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

求助全文

约1分钟内获得全文求助全文

来源期刊

Celal bayar Üniversitesi sağlık bilimleri enstitüsü dergisi

自引率

0.00%

发文量