Razvoj programske opreme za digitalno analizo histopatoloških vzorcev uvealnega melanoma

Abstract

IZHODIŠČA. Uvealni melanom je rak, ki se razvije iz melanocitov srednje očesne ovojnice. Diagnozo uvealnega melanoma postavimo na podlagi kliničnega pregleda in UZ-preiskave očesa ter jo potrdimo s histopatološko preiskavo. Z razvojem tehnologije se odpirajo nove možnosti za delo s histopatološkimi preparati. Naša hipoteza je bila, da lahko napišemo program, ki bo samodejno dovolj natančno določil tipe tkiv na sliki, in da ta program lahko vključimo v programsko opremo za delo s slikami preparatov. METODE. Proučevani vzorec je vseboval 16 slik preparatov uvealnega melanoma, ki smo jih naložili na strežnik odprtega mikroskopskega okolja (angl. Open Microscopy Environment, OMERO). V okolju OMERO smo na slikah ročno označili posamezna tkiva in napisali model za prepoznavo tkiv, ki deluje po principu metod strojnega učenja. Na podlagi slik z ročno označenimi tkivi model pripravi lastne kriterije za razvrščanje tkiv. REZULTATI. Naš rezultat je postavitev programskega okolja za delo z digitaliziranimi slikami preparatov ter model, ki s 85-% točnostjo razvrsti različna tkiva na slikah preparatov. RAZPRAVA. Odpirajo se nove možnosti prikaza slik preparatov, avtomatskega označevanja slik, postavljanje najverjetnejše diagnoze in opredeljevanje napovednih dejavnikov, kar bi lahko nadalje olajšalo delo patologov in izboljšalo zdravljenje bolnikov.