Utilização de marcadores microssatélites para avaliação da diversidade genética de variedades locais de mandioca

Eliane Cristina Moreno de Pedri, Giovana Cuchi, Auana Vicente Tiago, Ana Aparecida Bandini Rossi
{"title":"Utilização de marcadores microssatélites para avaliação da diversidade genética de variedades locais de mandioca","authors":"Eliane Cristina Moreno de Pedri, Giovana Cuchi, Auana Vicente Tiago, Ana Aparecida Bandini Rossi","doi":"10.18378/rvads.v19i1.9735","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"A mandioca é cultivada pelos agricultores familiares que conservam em suas propriedades variedades locais, atuando como mantenedores desse importante recurso genético. A diversidade genética existente para a espécie pode ser estimada por meio de marcadores moleculares microssatélites. Assim, objetivou-se realizar a caracterização molecular de quatro variedades locais de mandioca (Cacau Branca, Cacau Roxa, Cacau Amarela e Mandioca Pão) cultivadas por agricultores familiares no município de Apiacás-MT, utilizando marcadores microssatélites. Foram amostradas quatro variedades locais de mandioca, totalizando 40 indivíduos. O material foliar foi utilizado para a extração do DNA total e para as amplificações via PCR (Polymerase Chain Reaction). Foram amplificados 67 alelos, sendo que os loci que amplificaram o maior e o menor número de alelos, foram SSRY126 e SSRY21, respectivamente. Dentre os alelos amplificados foram identificados 33 alelos raros (49%). Os valores médios de heterozigosidade observada (0,840) foram superiores aos valores de heterozigosidade esperada (0,643), refletindo em índices de fixação negativos. Dentre os loci testados, os que apresentaram valores de PIC acima de 0,5 foram: GA12; GA131; GA140; SSRY27; SSRY28; SSRY126. O dendrograma formado pelo método de agrupamento hierárquico UPGMA gerou cinco grupos genéticos que estão em concordância com a análise bayesiana. Sendo assim, foi observado que há diversidade genética entre as variedades locais cultivadas por agricultores familiares do município de Apiacás. Os indivíduos AP5 (Cacau Branca) e AP20 (Cacau Roxa) são os mais divergentes geneticamente entre o conjunto analisado e a variedade Mandioca pão está mais distante geneticamente das outras três variedades (Cacau Branca, Cacau Roxa, Cacau Amarela).","PeriodicalId":499015,"journal":{"name":"Revista Verde de Agroecologia e Desenvolvimento Sustentável","volume":"117 ","pages":""},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2024-02-12","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Revista Verde de Agroecologia e Desenvolvimento Sustentável","FirstCategoryId":"0","ListUrlMain":"https://doi.org/10.18378/rvads.v19i1.9735","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
引用次数: 0

Abstract

A mandioca é cultivada pelos agricultores familiares que conservam em suas propriedades variedades locais, atuando como mantenedores desse importante recurso genético. A diversidade genética existente para a espécie pode ser estimada por meio de marcadores moleculares microssatélites. Assim, objetivou-se realizar a caracterização molecular de quatro variedades locais de mandioca (Cacau Branca, Cacau Roxa, Cacau Amarela e Mandioca Pão) cultivadas por agricultores familiares no município de Apiacás-MT, utilizando marcadores microssatélites. Foram amostradas quatro variedades locais de mandioca, totalizando 40 indivíduos. O material foliar foi utilizado para a extração do DNA total e para as amplificações via PCR (Polymerase Chain Reaction). Foram amplificados 67 alelos, sendo que os loci que amplificaram o maior e o menor número de alelos, foram SSRY126 e SSRY21, respectivamente. Dentre os alelos amplificados foram identificados 33 alelos raros (49%). Os valores médios de heterozigosidade observada (0,840) foram superiores aos valores de heterozigosidade esperada (0,643), refletindo em índices de fixação negativos. Dentre os loci testados, os que apresentaram valores de PIC acima de 0,5 foram: GA12; GA131; GA140; SSRY27; SSRY28; SSRY126. O dendrograma formado pelo método de agrupamento hierárquico UPGMA gerou cinco grupos genéticos que estão em concordância com a análise bayesiana. Sendo assim, foi observado que há diversidade genética entre as variedades locais cultivadas por agricultores familiares do município de Apiacás. Os indivíduos AP5 (Cacau Branca) e AP20 (Cacau Roxa) são os mais divergentes geneticamente entre o conjunto analisado e a variedade Mandioca pão está mais distante geneticamente das outras três variedades (Cacau Branca, Cacau Roxa, Cacau Amarela).
使用微卫星标记评估当地木薯品种的遗传多样性
木薯由家庭农民种植,他们在自己的土地上保留当地品种,充当这一重要遗传资源的维护者。该物种的遗传多样性可通过微卫星分子标记进行估算。因此,本研究旨在利用微卫星标记对阿皮亚卡斯市(Apiacás-MT)家庭农户种植的四个当地木薯品种(Cacau Branca、Cacau Roxa、Cacau Amarela 和 Mandioca Pão)进行分子特征鉴定。四个当地木薯品种共 40 个样本。叶片材料用于提取总 DNA 和 PCR(聚合酶链式反应)扩增。共扩增出 67 个等位基因,扩增出等位基因数量最多和最少的位点分别是 SSRY126 和 SSRY21。在扩增出的等位基因中,发现了 33 个稀有等位基因(占 49%)。观察到的平均杂合度值(0.840)高于预期杂合度值(0.643),反映了负固定指数。在测试的位点中,PIC 值高于 0.5 的位点有:GA12;GA131;GA140;SSRY27;SSRY28;SSRY126。用 UPGMA 层次聚类法形成的树枝图产生了五个遗传组,与贝叶斯分析结果一致。由此可见,阿皮亚卡斯市家庭农场主种植的本地品种之间存在遗传多样性。AP5(Cacau Branca)和 AP20(Cacau Roxa)是分析组中遗传差异最大的个体,而 Mandioca pão 品种与其他三个品种(Cacau Branca、Cacau Roxa 和 Cacau Amarela)的遗传距离最大。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
求助全文
约1分钟内获得全文 求助全文
来源期刊
自引率
0.00%
发文量
0
×
引用
GB/T 7714-2015
复制
MLA
复制
APA
复制
导出至
BibTeX EndNote RefMan NoteFirst NoteExpress
×
提示
您的信息不完整,为了账户安全,请先补充。
现在去补充
×
提示
您因"违规操作"
具体请查看互助需知
我知道了
×
提示
确定
请完成安全验证×
copy
已复制链接
快去分享给好友吧!
我知道了
右上角分享
点击右上角分享
0
联系我们:info@booksci.cn Book学术提供免费学术资源搜索服务,方便国内外学者检索中英文文献。致力于提供最便捷和优质的服务体验。 Copyright © 2023 布克学术 All rights reserved.
京ICP备2023020795号-1
ghs 京公网安备 11010802042870号
Book学术文献互助
Book学术文献互助群
群 号:481959085
Book学术官方微信