Deteksi Unit-unit CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat) pada Genom Beberapa Mikroba yang Berasosiasi dengan Ascidia Laut

Jurnal Bios Logos Pub Date : 2023-07-31 DOI:10.35799/jbl.v13i2.48847

Trezya Pangemanan, Inneke Rumengan, Kurniati Kemer, Antonius Rumengan, Elvy Ginting, Rosita Lintang, Joudy Sangari

{"title":"Deteksi Unit-unit CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat) pada Genom Beberapa Mikroba yang Berasosiasi dengan Ascidia Laut","authors":"Trezya Pangemanan, Inneke Rumengan, Kurniati Kemer, Antonius Rumengan, Elvy Ginting, Rosita Lintang, Joudy Sangari","doi":"10.35799/jbl.v13i2.48847","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Sekuens CRISPR merupakan suatu rangkaian nukleotida pada genom banyak mikroba yang terdiri dari urutan-urutan nukleotida palindromik berulang yang mengapit sekuens spesifik yang berasal dari asam nukleat asing. Studi ini bertujuan untuk memperoleh data sekuens genom beberapa mikroba dari komunitas mikrobioma ascidia yang tersedia di NCBI GenBank®, serta mendeteksi keberadaan unit-unit CRISPR pada genom mikroba tersebut dengan analisis in silico menggunakan CRISPRCasFinder. Data sekuens genom utuh berhasil diperoleh untuk Synechococcus sp. PCC 7002 (3.008,047 MB), Leptolyngbya sp. PCC 7376 (5.125,950 MB), Candidatus endolissoclinum faulkneri L2 (1.481,191 MB), dan Prochlorococcus marinus (1.751,080 MB), juga urutan genom shotgun untuk ketiga strain Prochloron didemni (P2-Fiji, P3-Solomon dan P4-Papua New Guinea) masing-masing dengan ukuran 84,370; 40,852; dan 64,281 MB. Sekuens CRISPR terdeteksi pada tiga dari tujuh genom mikroba dengan kisaran 2-20 unit CRPSR. Tipe sistem CRISPR-Cas perlu ditelusuri lebih lanjut ke depan.","PeriodicalId":484949,"journal":{"name":"Jurnal Bios Logos","volume":"4 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2023-07-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Jurnal Bios Logos","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.35799/jbl.v13i2.48847","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}

引用次数: 0

Abstract

Sekuens CRISPR merupakan suatu rangkaian nukleotida pada genom banyak mikroba yang terdiri dari urutan-urutan nukleotida palindromik berulang yang mengapit sekuens spesifik yang berasal dari asam nukleat asing. Studi ini bertujuan untuk memperoleh data sekuens genom beberapa mikroba dari komunitas mikrobioma ascidia yang tersedia di NCBI GenBank®, serta mendeteksi keberadaan unit-unit CRISPR pada genom mikroba tersebut dengan analisis in silico menggunakan CRISPRCasFinder. Data sekuens genom utuh berhasil diperoleh untuk Synechococcus sp. PCC 7002 (3.008,047 MB), Leptolyngbya sp. PCC 7376 (5.125,950 MB), Candidatus endolissoclinum faulkneri L2 (1.481,191 MB), dan Prochlorococcus marinus (1.751,080 MB), juga urutan genom shotgun untuk ketiga strain Prochloron didemni (P2-Fiji, P3-Solomon dan P4-Papua New Guinea) masing-masing dengan ukuran 84,370; 40,852; dan 64,281 MB. Sekuens CRISPR terdeteksi pada tiga dari tujuh genom mikroba dengan kisaran 2-20 unit CRPSR. Tipe sistem CRISPR-Cas perlu ditelusuri lebih lanjut ke depan.

查看原文本刊更多论文

在与海洋 Ascidia 相关的一些微生物基因组中检测到 CRISPR（聚类正则间隔短联合重复序列）单元

CRISPR是基因组中的一组核苷酸，许多微生物都是由一种由一种由外来核酸组成的循环核苷酸序列所组成的核苷酸。本研究旨在获得社区的一些微生物基因组序列数据mikrobioma ascidia可用在NCBI GenBank®,以及这些微生物基因组上的发现CRISPR单位用CRISPRCasFinder in silico分析。获得了完整的基因组序列数据PCC Synechococcus sp。7002 (3.008,047 MB), PCC Leptolyngbya sp。7376 (5.125,950 MB), Candidatus endolissoclinum faulkneri L2 (1.481,191 MB), Prochlorococcus业者(1.751,080 MB),也为第三Prochloron菌株基因组序列猎枪didemni (P2-Fiji与大小,P3-Solomon和P4-Papua新几内亚)每人84.370;40.852;在7个微生物基因组的2-20个CRPSR序列中发现了64.281 MB。CRISPR-Cas系统类型需要进一步搜索。

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

求助全文

约1分钟内获得全文求助全文

来源期刊

Jurnal Bios Logos

自引率

0.00%

发文量