Microsatellite panels suggested for parentage testing in cattle: informativeness revealed in Finnish Ayrshire and Holstein-Friesian populations

Agricultural and Food Science in Finland Pub Date : 1999-01-03 DOI:10.23986/AFSCI.5625

P. Bredbacka, M. Koskinen

{"title":"Microsatellite panels suggested for parentage testing in cattle: informativeness revealed in Finnish Ayrshire and Holstein-Friesian populations","authors":"P. Bredbacka, M. Koskinen","doi":"10.23986/AFSCI.5625","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Kansainvalisen elaingenetiikan jarjesto (ISAG) on ehdottanut mikrosatelliitti-DNA:han perustuvaa menetelmaa yleisesti kaytettavaksi nautojen polveutumisten varmistamisessa. Eri rotujen valilla esiintyvasta mikrosatelliittien polymorfian vaihtelusta johtuen ISAGin ehdottaman menetelman tehokkuus vaihtelee rodun mukaan. Taman tutkimuksen tarkoituksena oliselvittaa ehdotettujen vaihtoehtojen (11, 9 tai 6 lokusta) tehokkuus suomalaisten ayrshire- ja holstein-friisilaisrotujen vaarien isyyksien paljastajana. Tulokset osoittavat yhdeksan rutiinitestaukseen tarkoitetun mikrosatelliitin paljastavan vaarat isyydet ayrshirella 99,84 %:n ja holstein-friisilaisella 99,91 %:n varmuudella. Kahden lisatutkimuksiin tarkoitetun mikrosatelliitin lisays nostaa vastaavat arvot 99,94 %:iin ayrshirella ja 99,98 %:iin holstein-friisilaisella. Kuuden mikrosatelliitin muodostaman menetelman avulla voidaan vaarat isyydet paljastaa 98,25 %:n todennakoisyydella ayrshirella ja 99,32 %:n todennakoisyydella holstein-friisilaisella. Vaikka edella mainitut todennakoisyydet osoittavat, etta vaarat isyydet voidaan sulkea pois tehokkaasti, havaitsimme tietyissa yksittaisissa tapauksissa (esim. lokus SPS115) suhteellisen vahaista polymorfiaa. Jos vastaavia tuloksia saadaan jatkossa myos muilla roduilla, tulisi kyseisten lokusten mahdollista vaihtoa harkita. Ongelmat korostuvat esim. tilanteissa, joissa emasta ei ole saatavissa naytetta.","PeriodicalId":374908,"journal":{"name":"Agricultural and Food Science in Finland","volume":"79 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"1999-01-03","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"11","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Agricultural and Food Science in Finland","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.23986/AFSCI.5625","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}

引用次数: 11

Abstract

Kansainvalisen elaingenetiikan jarjesto (ISAG) on ehdottanut mikrosatelliitti-DNA:han perustuvaa menetelmaa yleisesti kaytettavaksi nautojen polveutumisten varmistamisessa. Eri rotujen valilla esiintyvasta mikrosatelliittien polymorfian vaihtelusta johtuen ISAGin ehdottaman menetelman tehokkuus vaihtelee rodun mukaan. Taman tutkimuksen tarkoituksena oliselvittaa ehdotettujen vaihtoehtojen (11, 9 tai 6 lokusta) tehokkuus suomalaisten ayrshire- ja holstein-friisilaisrotujen vaarien isyyksien paljastajana. Tulokset osoittavat yhdeksan rutiinitestaukseen tarkoitetun mikrosatelliitin paljastavan vaarat isyydet ayrshirella 99,84 %:n ja holstein-friisilaisella 99,91 %:n varmuudella. Kahden lisatutkimuksiin tarkoitetun mikrosatelliitin lisays nostaa vastaavat arvot 99,94 %:iin ayrshirella ja 99,98 %:iin holstein-friisilaisella. Kuuden mikrosatelliitin muodostaman menetelman avulla voidaan vaarat isyydet paljastaa 98,25 %:n todennakoisyydella ayrshirella ja 99,32 %:n todennakoisyydella holstein-friisilaisella. Vaikka edella mainitut todennakoisyydet osoittavat, etta vaarat isyydet voidaan sulkea pois tehokkaasti, havaitsimme tietyissa yksittaisissa tapauksissa (esim. lokus SPS115) suhteellisen vahaista polymorfiaa. Jos vastaavia tuloksia saadaan jatkossa myos muilla roduilla, tulisi kyseisten lokusten mahdollista vaihtoa harkita. Ongelmat korostuvat esim. tilanteissa, joissa emasta ei ole saatavissa naytetta.

查看原文本刊更多论文

建议在牛中进行亲子鉴定的微卫星面板:在芬兰艾尔郡和荷尔斯泰因-弗里斯种群中揭示的信息

国际动物遗传学协会（ISAG）提出了一种基于微卫星 DNA 的方法，可普遍用于验证牛的血统。由于不同品种间微卫星多态性的差异，ISAG 建议的方法在不同品种间的有效性也不尽相同。本研究的目的是调查拟议方案（11、9 或 6 个位点）在揭示芬兰艾尔夏和荷斯坦-弗里斯兰祖父牛种父系亲属关系方面的有效性。结果表明，九个常规微卫星能检测出艾尔夏和荷斯坦-弗里斯兰的亲子关系，可信度分别为 99.84 % 和 99.91 %。为进一步调查而增加两个微卫星后，艾尔郡和荷斯坦-弗里斯兰的相应值分别提高到 99.94% 和 99.98%。采用 6 个微卫星的方法，在艾尔郡和荷尔斯泰因-弗里斯兰分别以 98.25% 和 99.32% 的置信度检测出危害。尽管上述概率表明可以有效地排除风险同工酶，但我们还是在某些单例中观察到了相对较强的多态性（如位点 SPS115）。如果将来在其他品种中也得到类似的结果，则应考虑替换这些位点的可能性。例如，在没有母本样本的情况下，问题就会更加突出。

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

求助全文

约1分钟内获得全文求助全文

来源期刊

Agricultural and Food Science in Finland

自引率

0.00%

发文量