Bamya bitkisinde Şalgam mozaik virüsü (Turnip mosaic virus)’nün tespiti ve moleküler karakterizasyonu

Bitki Koruma Bülteni Pub Date : 2019-09-30 DOI:10.16955/bitkorb.517700

Ali Karanfi̇l, Savaş Korkmaz

{"title":"Bamya bitkisinde Şalgam mozaik virüsü (Turnip mosaic virus)’nün tespiti ve moleküler karakterizasyonu","authors":"Ali Karanfi̇l, Savaş Korkmaz","doi":"10.16955/bitkorb.517700","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Şalgam mozaik virusu ( Turnip mosaic virus , TuMV) genis konukcu dizisine sahip olan bir virus turu olup, gerek dunyada gerekse ulkemizde bircok sebze turunde saptanmistir. Bununla birlikte ulkemizde Malvaceae familyasina bagli yazlik bir sebze olan bamya bitkisinde TuMV'nin enfeksiyonuna yonelik herhangi bir calisma yapilmamistir. Bu amacla 2017 yili bamya uretim sezonunda Izmir ve Manisa illeri bamya uretim alanlarindan 31 adet virus ve virus benzeri simptom gosteren bamya ornekleri toplanmistir. Toplanan ornekler double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) yontemi ile TuMV’nin varliginin belirlenmesi amaci ile testlenmistir. Testlemeler sonucunda 23 ornek (%74.2) TuMV ile enfekteli olarak bulunmustur. Enfekteli bulunan ornekler icerisinden secilen iki TuMV izolatinin molekuler karakterizasyonu gerceklestirilmistir. Bu kapsamda secilen izolatlarin kismi nuklear inclusion b ve kapsid protein gen bolgeleri, reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) yontemi ile cogaltilmis ve daha sonra klonlanmis ve sekans dizileri elde edilmistir. Izolatlarin sekans analizi sonucu elde edilen nukleotit dizileri kullanilarak dunya izolatlari ile benzerlik oranlari ve filogenetik iliskileri belirlenmistir. Yapilan coklu sekans karsilastirmalari sonucunda TuMV izolatlarinin dunya izolatlari ile %84-88 ve %91-94 oraninda sirasi ile nukleotit ve amino asit duzeyinde benzerlikler gosterdigi tespit edilmistir. Filogenetik analizler sonucunda ise bamya bitkisinden elde edilen TuMV izolatlarinin basal-B grubunda oldugu bulunmustur. Gerceklestirilen bu calisma ile ulkemiz bamya uretim alanlarinda TuMV varligi ilk kez belirlenmistir.","PeriodicalId":301865,"journal":{"name":"Bitki Koruma Bülteni","volume":"43 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2019-09-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"1","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Bitki Koruma Bülteni","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.16955/bitkorb.517700","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}

引用次数: 1

Abstract

Şalgam mozaik virusu ( Turnip mosaic virus , TuMV) genis konukcu dizisine sahip olan bir virus turu olup, gerek dunyada gerekse ulkemizde bircok sebze turunde saptanmistir. Bununla birlikte ulkemizde Malvaceae familyasina bagli yazlik bir sebze olan bamya bitkisinde TuMV'nin enfeksiyonuna yonelik herhangi bir calisma yapilmamistir. Bu amacla 2017 yili bamya uretim sezonunda Izmir ve Manisa illeri bamya uretim alanlarindan 31 adet virus ve virus benzeri simptom gosteren bamya ornekleri toplanmistir. Toplanan ornekler double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) yontemi ile TuMV’nin varliginin belirlenmesi amaci ile testlenmistir. Testlemeler sonucunda 23 ornek (%74.2) TuMV ile enfekteli olarak bulunmustur. Enfekteli bulunan ornekler icerisinden secilen iki TuMV izolatinin molekuler karakterizasyonu gerceklestirilmistir. Bu kapsamda secilen izolatlarin kismi nuklear inclusion b ve kapsid protein gen bolgeleri, reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) yontemi ile cogaltilmis ve daha sonra klonlanmis ve sekans dizileri elde edilmistir. Izolatlarin sekans analizi sonucu elde edilen nukleotit dizileri kullanilarak dunya izolatlari ile benzerlik oranlari ve filogenetik iliskileri belirlenmistir. Yapilan coklu sekans karsilastirmalari sonucunda TuMV izolatlarinin dunya izolatlari ile %84-88 ve %91-94 oraninda sirasi ile nukleotit ve amino asit duzeyinde benzerlikler gosterdigi tespit edilmistir. Filogenetik analizler sonucunda ise bamya bitkisinden elde edilen TuMV izolatlarinin basal-B grubunda oldugu bulunmustur. Gerceklestirilen bu calisma ile ulkemiz bamya uretim alanlarinda TuMV varligi ilk kez belirlenmistir.

查看原文本刊更多论文

芜菁花叶病毒（TuMV）是一种寄主范围很广的病毒，在我国和世界上的许多蔬菜品种中都有发现。然而，我国还没有关于锦葵科夏季蔬菜秋葵感染 TuMV 的研究。为此，我们在 2017 年秋葵生产季节从伊兹密尔省和马尼萨省的秋葵产区采集了 31 份带有病毒和病毒样症状的秋葵样本。通过双抗体夹心酶联免疫吸附试验（DAS-ELISA）对采集的样本进行了TuMV检测。检测结果显示，23 份样本（74.2%）感染了 TuMV。对从感染样本中筛选出的两个 TuMV 分离物进行了分子鉴定。在此背景下，通过逆转录酶聚合酶链反应（RT-PCR）扩增了分离株的部分核包涵体 b 和包囊蛋白基因位点，然后进行了克隆和测序。通过对分离株序列分析所获得的核苷酸序列，确定了其与世界上分离株的相似率和系统发育关系。通过多重序列比较，确定 TuMV 分离物在核苷酸和氨基酸水平上与世界分离物的相似度分别为 84-88% 和 91-94%。系统进化分析的结果表明，从秋葵植株中获得的 TuMV 分离物属于基础-B 组。通过这项研究，首次确定了我国秋葵产区存在 TuMV。

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

求助全文

约1分钟内获得全文求助全文

来源期刊

Bitki Koruma Bülteni

自引率

0.00%

发文量