Framework para alinhamento de seqüências biológicas com o auxílio de programação concorrente

Abstract

Este artigo apresenta um framework para implementação de algoritmos de alinhamento de seqüências biológicas, com o diferencial de oferecer suporte à execução concorrente. O objetivo do trabalho é oferecer recursos computacionais que facilitem a extração de informações estruturais, funcionais e evolucionárias de pares de seqüências de DNA ou proteínas em ambiente de processamento paralelo. A avaliação dos resultados obtidos foi realizada através da implementação de algoritmos que utilizam o método de programação dinâmica e por uma análise de desempenho. O artigo é complementado por uma análise do uso do modelo de programação de Anahy e de seu núcleo executivo.