Türkiye'de Yonca'da önemli Thrips türlerinin hızlı tespiti için yeni bir kapiler jel elektroforez tabanlı fragment analiz yöntemi

Bitki Koruma Bülteni Pub Date : 2022-07-18 DOI:10.16955/bitkorb.1078737

Ali Ferhan Morca, Cenk Yücel, Aydemir Bariş, Ekrem Atakan, A. Çelik

{"title":"Türkiye'de Yonca'da önemli Thrips türlerinin hızlı tespiti için yeni bir kapiler jel elektroforez tabanlı fragment analiz yöntemi","authors":"Ali Ferhan Morca, Cenk Yücel, Aydemir Bariş, Ekrem Atakan, A. Çelik","doi":"10.16955/bitkorb.1078737","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Thripsler, birçok endüstriyel üründe önemli verim kayıplarına neden olur. Bu zararlılar Türkiye'deki karantina organizmaları arasında yer aldığından, etmenlerin hızlı tespiti yeni alanlara yayılmalarını önlemek için önemlidir. Mitokondriyal sitokrom oksidaz I (COI) barkodlama geninin analizleri; moleküler yöntemlerden biri olarak Thrips teşhislerinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Ancak COI geninin fragman uzunluğu çok kısa olduğundan, PCR sonrası agaroz jel üzerinde fragman boyutlarını ayırt etmek çok zordur. Bu çalışmada, daha önce farklı araştırmacılar tarafından kullanılan primer çiftleri kullanılarak Thrips tabaci, Frankliniella occidentalis ve F. intonsa türleri için Kapiler Jel Elektroforez (CGE) sistemi entegre edilerek yeni bir tanımlama yöntemi geliştirilmiştir. Analiz, özellikle kısa parça uzunluklu COI geninde birbirine yakın parça uzunluklarının ayrılmasında hata payını en aza indirerek, elde edilmiş güçlü sinyaller üretir. Bu sebeple, jel elektroforezi adımı ortadan kaldırılarak, tehlikeli kimyasallara maruz kalmadan güvenilir tespitler elde edildi. Yeni yöntem, tespit süresini kısalttı ve düşük DNA konsantrasyonuna sahip tek bir Thrips'in saptanmasındaki işlem hatalarınıda en aza indirdi. Bu kapiler jel elektroforezi tabanlı fragman analizi ile toplam 82 Trips bireyi (52 F. intonsa, 31 F. occidentalis) tespit edilebilmiştir. Yeni yöntem, üç farklı Thrips türünün tespiti için benzersiz, spesifik ve hızlı olarak değerlendirilmektedir. Ayrıca yakın gelecekte kısa fragman boyutlarına sahip farklı Thrips türlerinin tanımlanmasında da kullanılabileceği düşünülmektedir.","PeriodicalId":301865,"journal":{"name":"Bitki Koruma Bülteni","volume":"8 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2022-07-18","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Bitki Koruma Bülteni","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.16955/bitkorb.1078737","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}

引用次数: 0

Abstract

Thripsler, birçok endüstriyel üründe önemli verim kayıplarına neden olur. Bu zararlılar Türkiye'deki karantina organizmaları arasında yer aldığından, etmenlerin hızlı tespiti yeni alanlara yayılmalarını önlemek için önemlidir. Mitokondriyal sitokrom oksidaz I (COI) barkodlama geninin analizleri; moleküler yöntemlerden biri olarak Thrips teşhislerinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Ancak COI geninin fragman uzunluğu çok kısa olduğundan, PCR sonrası agaroz jel üzerinde fragman boyutlarını ayırt etmek çok zordur. Bu çalışmada, daha önce farklı araştırmacılar tarafından kullanılan primer çiftleri kullanılarak Thrips tabaci, Frankliniella occidentalis ve F. intonsa türleri için Kapiler Jel Elektroforez (CGE) sistemi entegre edilerek yeni bir tanımlama yöntemi geliştirilmiştir. Analiz, özellikle kısa parça uzunluklu COI geninde birbirine yakın parça uzunluklarının ayrılmasında hata payını en aza indirerek, elde edilmiş güçlü sinyaller üretir. Bu sebeple, jel elektroforezi adımı ortadan kaldırılarak, tehlikeli kimyasallara maruz kalmadan güvenilir tespitler elde edildi. Yeni yöntem, tespit süresini kısalttı ve düşük DNA konsantrasyonuna sahip tek bir Thrips'in saptanmasındaki işlem hatalarınıda en aza indirdi. Bu kapiler jel elektroforezi tabanlı fragman analizi ile toplam 82 Trips bireyi (52 F. intonsa, 31 F. occidentalis) tespit edilebilmiştir. Yeni yöntem, üç farklı Thrips türünün tespiti için benzersiz, spesifik ve hızlı olarak değerlendirilmektedir. Ayrıca yakın gelecekte kısa fragman boyutlarına sahip farklı Thrips türlerinin tanımlanmasında da kullanılabileceği düşünülmektedir.

查看原文本刊更多论文

求助全文

约1分钟内获得全文求助全文

来源期刊

Bitki Koruma Bülteni

自引率

0.00%

发文量