POLIMORFISMO DO GENE MITOCONDRIAL 16S DA ESPÉCIE PIMELODUS MACULATUS

Abstract

This work aimed to analyze the mitochondrial 16s gene of the species Pimelodus Maculatus. The quality of the read by the program FastQC was verified and later the ones of low quality were removed through the program Trimmomatic. The alignment was 2.658 bp, where they aligned to the gene related 80 read, being able to identify 124 polymorphism sites in the 16s gene of the species Pimelodus Maculatus. It is of great importance to the characterization of the mitochondrial region to base future works of genetic improvement. Palavras-chave: DNA, mandi-amarelo, sequencing Introdução O Mandi amarelo (Pimelodus Maculatus), também conhecido como mandi pintado é um peixe de água doce, sendo encontrado em uma ampla distribuição geográfica. É o maior dos mandis, podendo chegar a exemplares entre 30 a 40 cm (Britski et al., 1988). Apresenta hábito alimentar onívoro (Souza, 1982), com ampla plasticidade da dieta em função das variações temporais e espaciais provocadas pelas mudanças relacionadas a fatores bióticos e abióticos (Lowemcconnell, 1999). É importante analisar e compreender as regiões mitocondriais, onde as características do sequenciamento indicam a variabilidade genética das espécies. Os marcadores moleculares dispõem da herança materna (Olson et al., 2009), sendo relevantes ao considerar em casos de filogenia e importância taxonômica. Objetivou-se analisar o polimorfismo do gene mitocondrial 16s da espécie Pimelodus Maculatus, relevando a variabilidade existente no individuo, e consequentemente na espécie. Material e Métodos A biblioteca de DNA, da espécie Pimelodus Maculatus foi obtida a partir de um sequenciador GAIIx (Illumina, USA) no modo paired-end, para a obtenção de sequências com 150 pares de bases (pb). O programa FastaQC foi utilizado para analisar a qualidade de cada read. Após a análise de qualidade foi realizada a remoção dos adaptadores e a remoção de read de baixa qualidade com o programa Trimmomatic (Bolger et al., 2014). As sequências das extremidades dos reads foram removidas quando as médias de qualidade fossem inferiores a Phread 15 em intervalos de quatro bases. Também foram removidos os reads com comprimentos menores que 32pb. Para a verificação da eficiência da filtragem foi utilizado novamente o programa FastQC. Foi utilizado o programa Bowtie2 para realizar a montagem, sendo utilizado como referência o gene mitocondrial 16s da espécie Pimelodus Maculatus (GenBank: 898709.1) com comprimento de 2.658pb. O arquivo no formato SAM, gerado na montagem, foi transformado em formato BAM com o programa Samtoll (Li et al., 2009) e posteriormente foi utilizado o programa Tablet, sendo possível verificar os reads montados contra a referência. Resultados e Discussão O sequenciamento do DNA resultou em 1.690.800 read, possuindo 35 a 151 pares de base subdivididos em dois arquivos paired-end. O alinhamento dos read do sequenciamento contra a referência foi de 2.658 pb, onde 80 read se alinharam ao gene referente, onde identificou-se 124 sítios de polimorfismo (figura 1). Figura 1: Read mapeados da espécie Pimelodus Maculatus do gene 16s. Fonte: Programa Tablet Nestes sítios foram observados que a Timina do gene referência apresentou 36 variações, sendo 27 polimorfismos com Citosina nas posições 152; 454; 541; 664; 874; 881; 1.036; 1.068; 1.099; 1.267; 1.467; 1.471; 1.477; 1.480; 1.514; 1.559; 1.560; 1.649; 1.703; 1.805; 1.819; 2.188; 2.236; 2.269; 2.280; 2.319; 2.360. Também oito polimorfismos com Adenina nas posições 291; 682; 842; 1.060; 1.464; 1.657; 2.264; 2.612 e três com Guanina nas posições 310; 1.318; 1.878. Verificou-se que a Adenina do gene referência teve variação em 27 sítios, sendo quatro sítios de polimorfismo com Timina nas posições 310; 1.318; 1.878, nove polimorfismo com Guanina nas posições 348; 465; 692; 1.452; 1.821; 1.979; 2.273; 2.291; 2.608 e 14 sítios de polimorfismo com Citosina nas posições 292; 355; 873; 937; 1.061; 1.071; 1.130; 1.218; 1.733; 1.841; 1.877; 2.298. A Guanina do gene referente apresentou 14 sítios de polimorfismo, 12 destes sítios com Adenina nas posições 165; 290; 319; 1.062; 1.132; 1.485; 1.493; 1.824; 1.842; 2.152; 2.199; 2.23, e dois sítios com Citosina nas posições 379; 1.836. Em 45 sítios de polimorfismo que ocorreram na base nitrogenada Cistina, cinco foram com Adenina nas posições 937; 1.519; 1.691; 1.873; 2.227 e 40 sítios de polimorfismo com Timina nas posições 293; 296; 374; 456; 631; 841; 843; 852; 853; 854; 861; 1.044; 1.084; 1.085; 1.107; 1.136; 1.203; 1.252; 1.434; 1.439; 1.454; 1.513; 1.628; 1.636; 1.651; 1.669; 1.673; 1.770; 1.772; 1.785; 1.795; 1.814; 1.825; 1.864; 1.918; 1.977; 2.142; 2.178; 2.292; 2.334.