ProtCool 2.0: um gerador de protocolo para ancoragem e simulações de dinâmica molecular em complexos proteína-ligante em versão web

Abstract

A pandemia de COVID-19 deixou evidente a alta demanda por sistemas computacionais que agilizem a indicação de novos fármacos. Nesse sentido, compreender o comportamento dinâmico de complexos biomoleculares é algo fundamental. No entanto, a preparação de tais simulações é de grande complexidade, e seus inúmeros detalhes nem sempre são suficientemente destacados, comprometendo sua reprodutibilidade. Propõe-se aqui a ferramenta web ProtCool – um gerador de protocolos, focado na integração entre ancoragem e dinâmica molecular de complexos proteína-ligantes. Será demonstrado seu uso na simulação da interação entre acetilcolinesterase e galantamina, usada no tratamento do Alzheimer.