Ege ve Akdeniz Bölgesi bağlarından izole edilen Botryosphaeriaceae türlerinin PCR-RFLP analizi

Abstract

Bircok bitki turunde lokal kuruma ve geriye olumlere neden olan Botryosphaeriaceae funguslarinin klasik tanisi oldukca zor ve zaman alicidir. Turlerin hizli tanisi icin ture ozgu primerlerle PCR testi, RFLP (Restricted Fragment Length Polymorphism) ya da gen sekanslama gibi bazi molekuler yontemlerin kullanilmasi gerekmektedir. Bu calisma, Turkiye baglarinda simdiye kadar tespit edilmis bazi Botryosphaeriaceae familyasi fungus turlerinin, PCR-RFLP yontemi ile hizli tanisina katki saglamayi amaclamaktadir. Ege ve Akdeniz Bolgesi baglarindan izole edilmis 4 farkli ture ait ( Botryosphaeria dothidea , Diplodia seriata , Lasiodiplodia theobromae ve Neofusicoccum parvum ) 25 izolatttan DNA ekstraksiyonlari yapilmis, genomik DNA uzerindeki β-tubulin (TUB2) ve ITS bolgesinden tasarlanmis Botryosphaeriaceae cinslerine ozgu bolgeler, polimeraz zincir reaksiyonlariyla cogaltilmistir. Bu bolgeler bes farkli restriksiyon endonukleaz enzimiyle ( Alu I, Bsa HI, Mbo I, Rsa I, Taq I) kesilmis, agaroz jeldeki (%2) bant profilleri incelenmistir. Analizlerin sonuclarina gore; cinse ozgu primerlerle cogaltilan bolge RFLP analizi icin uygun olmamistir. Ancak, β-tubulin bolgesinin bu turlerin ayrimi icin en az iki farkli restriksiyon enzimiyle kesilmesi gerektigi ortaya cikmistir. Bsa HI enzimi B. dothidea ve D. seriata ’nin β-tubulin genini keserek, iki ayri buyuklukte bant profili ( B. dothidea : 250 ve 700 bp ve D. seriata : 400 ve 600 bp) olusturmustur. Ancak bu enzim L. theobromae ve N. parvum icin ayirt edici bant verememistir. Buna karsin Taq I enzimi de B. dothidea ve D. seriata ‘yi ayirt edememis ancak L. theobromae ve N. parvum ’un β-tubulin genini 2 yerden keserek her bir tur icin uc ayri bant ( L. theobromae : 200-400-800 bp ve N. parvum : 200-400-650 bp) meydana getirmistir.