Pemodelan Farmakofor dan Skrining Virtual dari Database Senyawa Bahan Alam Sebagai Inhibitor Sars-CoV-2 RNA-dependent RNA Polimerase

Abstract

Virus corona merupakan jenis virus yang dapat berjangkit pada manusia yang disebabkan oleh sindrom pernafasan akut (SARS-CoV-2). Dalam usaha penemuan obat baru dapat dilakukan dengan mengeksplorasi bahan alam aktif sebagai antivirus terus dilakukan.  Salah satu reseptor yang memiliki peran penting untuk mereplikasi virus adalah reseptor RNA-dependent RNA Polimerase. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui aktivitas hit dari senyawa bahan alam terhadap inhibitor RNA-dependent RNA Polimerase sebagai obat virus corona. Penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang dilakukan secara komputasi, metode pemodelan farmakofor berbasis struktur menggunakan LiganScout, skrining virtual menggunakan pharmit dan penambatan molekul menggunakan Autodock Tools dengan parameter penambatan dilihat berdasarkan nilai root mean squad deviation (RMSD) terendah. Kode reseptor RNA Polimerase yaitu (PDBID 7BV2), sedangkan ligan pembanding adalah remdesivir. Hasil penelitian pada validasi model farmakofor yaitu nilai AUC= 0,52 dengan total senyawa hit sebanyak 65, yang terdiri dari satu fitur negative ionizable, satu fitur H bond acceptor, dan satu fitur H bond donor. Penapisan berbasis farmakofor terhadap database coconut menghasilkan 7,211 senyawa hit. Hasil penambatan molekul menunjukkan bahwa senyawa CNP0441757 memiliki nilai binding energi bebas Gibbs (ΔG) yang lebih baik yaitu -3,77 kcal/mol dan konstanta inhibisi (Ki) 1,72 mM, dapat disimpulkan bahwa senyawa CNP0441757 memiliki nilai afinitas pengikatan yang lebih baik bila dibandingkan dengan ligan alami, sedangkan analisis interaksi dilihat berdasarkan ikatan hidrogen, ikatan van der waals, dan ikatan hidrofobik.