Roberto César Contreras Diaz, Felipe Carevic Vergara, Mariana Arias Aburto, Wilson Huanca Mamani, Bladimir Díaz Martín
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El objetivo del presente trabajo fue desarrollar y validar marcadores microsatélites (SSR) para G. decorticans, con el fin de analizar en el futuro su diversidad genética y estructura genética poblacional.\nM&M: Se buscaron marcadores SSR en el genoma de G. decorticans a partir del método Next-Generation Sequencing (NGS), y se validaron a través de treinta individuos distribuidos en diferentes localidades del norte de Chile.\nResultados: Se identificó un total de ~144.117 loci de microsatélites y de ellos se usó un grupo de 41 pares de cebadores para la validación. Los fragmentos amplificados variaron de 106 pb a 225 pb, el número de alelos varió de 2 a 9, y el valor PIC de los 41 loci SSR osciló entre 0,32 y 0,86, con un promedio de 0,64.\nConclusiones: Por primera vez se desarrollaron marcadores SSR putativamente neutros específicos de la especie G. decorticans con el fin de promover estudios genéticos para la conservación de la especie. El presente estudio provee 38 nuevos marcadores SSR polimórficos, los cuales podrían servir como una herramienta efectiva para estimar la diversidad genética, estructura genética y para ser empleados en programas de mejora.","PeriodicalId":55344,"journal":{"name":"Boletin De La Sociedad Botanica De Mexico","volume":"393 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2021-12-22","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"1","resultStr":"{\"title\":\"Desarrollo de nuevos loci de microsatélites para Geoffroea decorticans (Gillies ex Hook. & Arn.) 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摘要
本文的目的是描述在阿塔卡马沙漠中发现的一种独特的物种,它是一种适应阿塔卡马沙漠生态限制条件的树种,被称为chanar。它是一种有价值的多用途资源,用作食品和药品。然而,还没有开发出该物种特有的共显性dna标记来进行该物种的遗传研究。本研究的目的是开发和验证decorticans微卫星标记(SSR),以分析其遗传多样性和群体遗传结构。M&M:利用下一代测序(NGS)方法在decorticans基因组中寻找SSR标记,并通过分布在智利北部不同地区的30个个体进行验证。结果:共鉴定了约144.117个微卫星位点,并对41对引物进行了验证。扩增片段106 bp ~ 225 bp,等位基因数2 ~ 9,41个SSR位点的PIC值在0.32 ~ 0.86之间,平均0.64。在本研究中,我们分析了该物种的遗传特征,并确定了该物种的遗传特征。本研究提供了38个新的多态性SSR标记,可作为评估遗传多样性、遗传结构和育种计划的有效工具。
Desarrollo de nuevos loci de microsatélites para Geoffroea decorticans (Gillies ex Hook. & Arn.) Burkart
Introducción y objetivos: Una de las pocas especies de árboles adaptados a las condiciones ecológicamente limitantes del desierto de Atacama es Geoffroea decorticans, conocido como chañar. Es un valioso recurso multipropósito utilizado como alimento y producto medicinal. Sin embargo, aún no se han desarrollado marcadores de ADN codominantes específicos para esta especie que permitan realizar estudios genéticos en la especie. El objetivo del presente trabajo fue desarrollar y validar marcadores microsatélites (SSR) para G. decorticans, con el fin de analizar en el futuro su diversidad genética y estructura genética poblacional.
M&M: Se buscaron marcadores SSR en el genoma de G. decorticans a partir del método Next-Generation Sequencing (NGS), y se validaron a través de treinta individuos distribuidos en diferentes localidades del norte de Chile.
Resultados: Se identificó un total de ~144.117 loci de microsatélites y de ellos se usó un grupo de 41 pares de cebadores para la validación. Los fragmentos amplificados variaron de 106 pb a 225 pb, el número de alelos varió de 2 a 9, y el valor PIC de los 41 loci SSR osciló entre 0,32 y 0,86, con un promedio de 0,64.
Conclusiones: Por primera vez se desarrollaron marcadores SSR putativamente neutros específicos de la especie G. decorticans con el fin de promover estudios genéticos para la conservación de la especie. El presente estudio provee 38 nuevos marcadores SSR polimórficos, los cuales podrían servir como una herramienta efectiva para estimar la diversidad genética, estructura genética y para ser empleados en programas de mejora.