- Book学术

发布求助

文献互助智能选刊最新文献

Jurnal Kimia Pub Date : 2021-01-31 DOI:10.24843/jchem.2021.v15.i01.p01

T. M. Fakih, M. L. Dewi, A. Arumsari, T. M. Syarza, N. Hazar

{"title":"STUDI INTERAKSI SENYAWA KOMPLEKS BESI TERHADAP PROTEIN HEMOFOR PADA PSEUDOMONAS AERUGINOSA (HasAp) SECARA IN SILICO","authors":"T. M. Fakih, M. L. Dewi, A. Arumsari, T. M. Syarza, N. Hazar","doi":"10.24843/jchem.2021.v15.i01.p01","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Sebuah protein hemofor yang dihasilkan oleh Pseudomonas aeruginosa (HasAp) dapat mengikat beberapa senyawa kompleks logam selain Protoporfirin-IX (heme). Struktur kristal dari protein HasAp yang mengandung senyawa kompleks logam hanya menunjukkan sedikit perubahan pada keseluruhan struktur protein HasAp. Fe-ftalosianina (Fe-Pc) dan Fe-mesoporfirin-IX (Fe-MPIX) mampu menghambat protein HasAp yang terikat heme sebagai sumber zat besi. Pada penelitian ini akan dilakukan identifikasi, evaluasi, dan eksplorasi terhadap mekanisme aksi dari senyawa Fe-Pc dan Fe-MPIX terhadap protein HasAp, serta mengamati pengaruhnya pada bagian sisi aktif protein HasR dengan menggunakan studi in silico. Simulasi penambatan molekuler berbasis protein-ligan dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak MGLTools 1.5.6 yang dilengkapi dengan AutoDock 4.2 untuk mengamati afinitas dan interaksi molekuler yang terbentuk antara molekul senyawa Fe-Pc dan Fe-MPIX terhadap makromolekul protein HasAp. Kemudian dilakukan simulasi penambatan molekuler berbasis protein-protein terhadap sistem kompleks protein-ligan untuk mengamati pengaruhnya terhadap area pengikatan dari makromolekul protein HasR dengan menggunakan perangkat lunak PatchDock. Hasil simulasi penambatan molekuler berbasis protein-ligan menunjukkan bahwa senyawa Fe-MPIX memiliki afinitas yang lebih baik dari senyawa Fe-Pc pada makromolekul protein HasAp-FeMPIX, dengan nilai energi bebas ikatan masing-masing ?65,73 kJ/mol dan ?63,97 kJ/mol. Kemudian, hasil simulasi penambatan molekuler berbasis protein-protein antara kompleks senyawa Fe-MPIX dan protein HasAp-FeMPIX terhadap protein HasR memiliki nilai atomic contact energy (ACE) paling positif, yaitu 1051,44 kJ/mol. Perbedaan ukuran struktur molekul senyawa terbukti mampu mempengaruhi mekanisme aksi terhadap protein target. Dengan demikian, diperlukan kehati-hatian dalam mendesain molekul senyawa inhibitor dari protein HasAp secara in silico. \nKata kunci: Fe-ftalosianina, Fe-mesoporfirin-IX, protein HasAp, protein HasR, Pseudomonas aeruginosa","PeriodicalId":17780,"journal":{"name":"Jurnal Kimia","volume":"4 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2021-01-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Jurnal Kimia","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.24843/jchem.2021.v15.i01.p01","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}

引用次数: 0

摘要

由伪胞菌(HasAp)产生的溶血蛋白(HasAp)与原体- ix (heme)以外的金属复合物结合。HasAp蛋白质的晶体结构中含有复杂的金属化合物，只表明HasAp的整个蛋白质结构几乎没有变化。fef - pc (feo - pc)和f -中间体- ix (fen - mpix)可以抑制HasAp的血红蛋白作为铁的来源。本研究将进行对fepc化合物和fepe x对HasAp蛋白的作用机制的鉴定、评估和探索，并利用二氧化硅蛋白活性侧边观察它们的影响。基于蛋白质的分子增强模拟是使用MGLTools 1.5.6软件进行的，该软件配备自动4.2自动装置，观察fepc化合物和HasAp蛋白质分子之间的亲缘关系和分子相互作用。然后对蛋白质复合体进行一种基于蛋白质的分子增强模拟，观察它们通过PatchDock软件对HasR蛋白质分子粘合区域的影响。以蛋白质为基础的分子增强的模拟结果表明，fempix蛋白分子的非pc化合物与非pc蛋白分子的非pc化合物有更好的亲和力。然后，基于蛋白质的化合物fempix和HasR蛋白复合物之间的分子增强蛋白的结果具有原子接触能量(ACE)最积极的值，即1051.44 kJ/mol。事实证明，化合物分子结构的大小差异会影响目标蛋白质的作用机制。因此，我们需要谨慎地设计出二氧化硅蛋白的分子抑制剂。关键词:fef -ftalosianina, feo -中间体- ix, HasAp的蛋白质，HasR的蛋白质

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

查看原文本刊更多论文

STUDI INTERAKSI SENYAWA KOMPLEKS BESI TERHADAP PROTEIN HEMOFOR PADA PSEUDOMONAS AERUGINOSA (HasAp) SECARA IN SILICO

Sebuah protein hemofor yang dihasilkan oleh Pseudomonas aeruginosa (HasAp) dapat mengikat beberapa senyawa kompleks logam selain Protoporfirin-IX (heme). Struktur kristal dari protein HasAp yang mengandung senyawa kompleks logam hanya menunjukkan sedikit perubahan pada keseluruhan struktur protein HasAp. Fe-ftalosianina (Fe-Pc) dan Fe-mesoporfirin-IX (Fe-MPIX) mampu menghambat protein HasAp yang terikat heme sebagai sumber zat besi. Pada penelitian ini akan dilakukan identifikasi, evaluasi, dan eksplorasi terhadap mekanisme aksi dari senyawa Fe-Pc dan Fe-MPIX terhadap protein HasAp, serta mengamati pengaruhnya pada bagian sisi aktif protein HasR dengan menggunakan studi in silico. Simulasi penambatan molekuler berbasis protein-ligan dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak MGLTools 1.5.6 yang dilengkapi dengan AutoDock 4.2 untuk mengamati afinitas dan interaksi molekuler yang terbentuk antara molekul senyawa Fe-Pc dan Fe-MPIX terhadap makromolekul protein HasAp. Kemudian dilakukan simulasi penambatan molekuler berbasis protein-protein terhadap sistem kompleks protein-ligan untuk mengamati pengaruhnya terhadap area pengikatan dari makromolekul protein HasR dengan menggunakan perangkat lunak PatchDock. Hasil simulasi penambatan molekuler berbasis protein-ligan menunjukkan bahwa senyawa Fe-MPIX memiliki afinitas yang lebih baik dari senyawa Fe-Pc pada makromolekul protein HasAp-FeMPIX, dengan nilai energi bebas ikatan masing-masing ?65,73 kJ/mol dan ?63,97 kJ/mol. Kemudian, hasil simulasi penambatan molekuler berbasis protein-protein antara kompleks senyawa Fe-MPIX dan protein HasAp-FeMPIX terhadap protein HasR memiliki nilai atomic contact energy (ACE) paling positif, yaitu 1051,44 kJ/mol. Perbedaan ukuran struktur molekul senyawa terbukti mampu mempengaruhi mekanisme aksi terhadap protein target. Dengan demikian, diperlukan kehati-hatian dalam mendesain molekul senyawa inhibitor dari protein HasAp secara in silico. Kata kunci: Fe-ftalosianina, Fe-mesoporfirin-IX, protein HasAp, protein HasR, Pseudomonas aeruginosa

求助全文

通过发布文献求助，成功后即可免费获取论文全文。去求助

来源期刊

Jurnal Kimia

自引率

0.00%

发文量