The clinical importance of intestinal microbiota

Clinicians have long learned of the pathogenic microorganisms that cause intestinal infections and that can be identified by culture methods from fecal, mucosa and blood samples. Nevertheless, much progress has been made due, in large part, to molecular biology which has enabled the discovery of pathogens that are not (yet) able to be cultured, but also to the protective role of some microorganisms within the microbiota. Ecological and clinical disturbances related to antibiotic therapy were decisive for demonstrating the bénéficiai effects of the endogenous microbiota and establishing the bénéficiai effects of biotherapeutic agents, known as probiotics. Most areas of gastroenterology (cryptogenic inflammatory bowel disease, irritable bowel syndrome, lymphomas, etc.), but also those in medicine overall (obesity for example), are affected by this new approach and are showing very significant progress. This article summarizes the historical steps of these discoveries and reviews what the “modern” clinician should know in this very dynamic area in regard to research and practical consequences.

Le clinicien a depuis longtemps appris à connaître des micro-organismes pathogènes responsables d’infections intestinales et qu’il identifie par méthodes de culture dans des prélèvements fécaux, muqueux ou sanguins. Cependant de nombreux progrès ont été réalisés, en bonne partie grâce à la biologie moléculaire, qui ont permis de découvrir des pathogènes non (encore) cultivables mais aussi le rôle protecteur de certains micro-organismes au sein du microbiote. Les perturbations écologiques et cliniques liées à l’antibiothérapie ont été décisives pour mettre en évidence des effets bénéfiques du microbiote endogène et établir les effets bénéfiques d’agents biothérapeutiques - probiotiques. Rares sont les domaines de la gastroentérologie (maladies inflammatoires cryptogénétiques de l’intestin, syndrome de l’intestin irritable, lymphomes.) mais aussi de la médecine dans son ensemble (obésité par exemple) qui échappent à cette nouvelle approche et progrès très significatifs. Cet article résume les étapes historiques de ces découvertes et fait le point sur ce qu’un clinicien « moderne » doit connaître dans ce domaine très dynamique en recherche et conséquences pratiques.