EP-027 - 在热带病和被忽视疾病的诊断中测试元基因组学：3 年的经验

IF 3 4区医学 Q2 INFECTIOUS DISEASES

Brazilian Journal of Infectious Diseases Pub Date : 2024-10-01 DOI:10.1016/j.bjid.2024.103957

Andre Mario Doi, Joceline Rodrigues Arroyo, Roberta Cardoso Petroni, Erick Gustavo Dorlass, Gustavo Bruniera, Nair Hideko Muto, Rubia Anita Ferraz Santana, Joao Renato Rebello Pinho

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Os patógenos associados a doenças negligenciadas foram Brucella, arenavirus, leishmania, hantavirus, taenia sp., dengue, chikungunya, monkeypox, vírus da febre amarela, Cladophialophora e hepatite E.</div></div><div><h3>Conclusão</h3><div>A escassez de métodos diagnósticos para patógenos raros e negligenciados pode levar a subnotificação dessas doenças em diversas partes do mundo. Outro fator é que muitas dessas doenças cursam com quadro clínico semelhante, o que dificulta ainda mais o manejo desses pacientes. 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摘要

导言使用新一代测序技术（NGS）进行射枪元基因组学研究，可以检测临床实践中罕见和被忽视的病原体。我们实验室开发的这项技术利用样本中的信使 RNA 来检测和鉴定微生物。本研究旨在评估一家私立三级医院实验室三年来检测的病例总数、阳性率和发现的主要病原体。然后用随机引物进行两步反转录反应，再进行 PCR 扩增和文库制备。文库使用 Illumina 平台测序，然后通过内部开发的管道进行生物信息学分析。每个结果都由一个多学科团队进行解读，必要时还会进行正交确证试验。结果2020 年 1 月至 2023 年 10 月，临床常规检测了 2373 个病例。最常见的材料是血浆样本，其次是脑脊液样本。总体阳性率为 21.66%。与被忽视疾病相关的病原体有布鲁氏杆菌、疟原虫病毒、利什曼原虫、汉坦病毒、疟原虫、登革热、基孔肯雅热、猴痘、黄热病病毒、疟原虫和戊型肝炎。另一个因素是，许多此类疾病的临床表现相似，这使得这些患者的治疗更加困难。事实证明，元基因组学检测在这种诊断中是有效的，在我们的人群中发现的阳性率与其他已发表的研究结果一致。

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EP-027 - TESTE DE METAGENÔMICA NO DIAGNÓSTICO DAS DOENÇAS TROPICAIS E NEGLICENCIADAS: 3 ANOS DE EXPERIÊNCIA

Introdução

A Metagenomica shotgun utilizando sequenciamento de nova geração (NGS) possibilita detectar patógenos raros e negligenciados na prática clínica. A técnica desenvolvida em nosso laboratório, utiliza o RNA mensageiro presente na amostra para detecção e identificação dos microrganismos.

Objetivo

O objetivo desse estudo foi avaliar o número total de casos testados, porcentagem de positividade e principais patógenos encontrados durante três anos em laboratório de hospital privado terciário.

Método

O RNA total é extraído seguido de digestão do DNA e depleção do rRNA/mtRNA. É então realizada a reação de transcrição reversa em duas etapas com primers randômicos, seguido de amplificação por PCR e preparo de biblioteca. As bibliotecas são sequenciadas usando a plataforma Illumina, e em seguida submetida a análise de bioinformática em pipeline desenvolvido internamente. A interpretação de cada resultado é realizada por time multidisciplinar e quando necessário testes ortogonais confirmatórios são realizados.

Resultados

Entre janeiro de 2020 até outubro de 2023 foram testados 2373 casos na rotina clínica. Os materiais mais prevalentes foram amostras de plasma e em seguida amostras de liquor. A taxa de positividade geral foi de 21,66%. Os patógenos associados a doenças negligenciadas foram Brucella, arenavirus, leishmania, hantavirus, taenia sp., dengue, chikungunya, monkeypox, vírus da febre amarela, Cladophialophora e hepatite E.

Conclusão

A escassez de métodos diagnósticos para patógenos raros e negligenciados pode levar a subnotificação dessas doenças em diversas partes do mundo. Outro fator é que muitas dessas doenças cursam com quadro clínico semelhante, o que dificulta ainda mais o manejo desses pacientes. O teste de metagenômica demonstrou ser eficiente nesse diagnóstico e as taxas de positividade encontradas em nossa população estão de acordo com outros trabalhos publicados.

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来源期刊

Brazilian Journal of Infectious Diseases 医学-传染病学

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审稿时长

41 days

期刊介绍： The Brazilian Journal of Infectious Diseases is the official publication of the Brazilian Society of Infectious Diseases (SBI). It aims to publish relevant articles in the broadest sense on all aspects of microbiology, infectious diseases and immune response to infectious agents. The BJID is a bimonthly publication and one of the most influential journals in its field in Brazil and Latin America with a high impact factor, since its inception it has garnered a growing share of the publishing market.