{"title":"食品微生物学中的宏基因组方法","authors":"Yeşim AKTEPE, İbrahim ÇAKIR","doi":"10.15237/gida.gd23101","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Gıda mikrobiyolojisinde kullanılan klasik kültürel yöntemler ile gıdaların mikrobiyotalarının tam olarak tanımlanamaması sorunu üzerine kültüre bağlı olmayan moleküler yöntemler geliştirilmiştir. Kültüre bağlı olmayan yöntemlerden olan metagenomik çalışmalarda kültürleme adımı olmaksızın direkt DNA izolasyonu ile mikroorganizmaların tanımlaması yapılabilmektedir. Bu sayede mikrobiyota içerisinde yer alan fakat kültüre edilemediği için tanımlanamayan mikroorganizmalarında tanımlanması mümkün kılınmaktadır. Gıda mikrobiyolojisi alanında incelenen kültür ortamlarının mikrobiyotasının sahip olduğu mikrobiyel çeşitlilik, amplikon dizileme (hedefli dizileme) ve shotgun metagenomik yaklaşımları kullanılarak belirlenmekte olup her iki yöntemin de avantaj ve dezavantajları mevcuttur. Metagenomik son yıllarda gıda endüstrisinde özellikle gıda mikrobiyolojisi ve gıda güvenliği alanlarında yardımcı disiplin olarak sıklıkla tercih edilmektedir. Özellikle fermente gıdaların üretimindeki karmaşık mikrobiyel aktivitenin tespiti üzerine yapılan çalışmalar ve gıdaların bozulmasında yer alan mikrobiyel toplulukların incelenmesini hedefleyen çalışmaların sayısı giderek artmaktadır.","PeriodicalId":12625,"journal":{"name":"Gida the Journal of Food","volume":"16 23","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2023-11-03","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":"{\"title\":\"METAGENOMIC APPROACHES IN FOOD MICROBIOLOGY\",\"authors\":\"Yeşim AKTEPE, İbrahim ÇAKIR\",\"doi\":\"10.15237/gida.gd23101\",\"DOIUrl\":null,\"url\":null,\"abstract\":\"Gıda mikrobiyolojisinde kullanılan klasik kültürel yöntemler ile gıdaların mikrobiyotalarının tam olarak tanımlanamaması sorunu üzerine kültüre bağlı olmayan moleküler yöntemler geliştirilmiştir. Kültüre bağlı olmayan yöntemlerden olan metagenomik çalışmalarda kültürleme adımı olmaksızın direkt DNA izolasyonu ile mikroorganizmaların tanımlaması yapılabilmektedir. Bu sayede mikrobiyota içerisinde yer alan fakat kültüre edilemediği için tanımlanamayan mikroorganizmalarında tanımlanması mümkün kılınmaktadır. Gıda mikrobiyolojisi alanında incelenen kültür ortamlarının mikrobiyotasının sahip olduğu mikrobiyel çeşitlilik, amplikon dizileme (hedefli dizileme) ve shotgun metagenomik yaklaşımları kullanılarak belirlenmekte olup her iki yöntemin de avantaj ve dezavantajları mevcuttur. Metagenomik son yıllarda gıda endüstrisinde özellikle gıda mikrobiyolojisi ve gıda güvenliği alanlarında yardımcı disiplin olarak sıklıkla tercih edilmektedir. Özellikle fermente gıdaların üretimindeki karmaşık mikrobiyel aktivitenin tespiti üzerine yapılan çalışmalar ve gıdaların bozulmasında yer alan mikrobiyel toplulukların incelenmesini hedefleyen çalışmaların sayısı giderek artmaktadır.\",\"PeriodicalId\":12625,\"journal\":{\"name\":\"Gida the Journal of Food\",\"volume\":\"16 23\",\"pages\":\"0\"},\"PeriodicalIF\":0.0000,\"publicationDate\":\"2023-11-03\",\"publicationTypes\":\"Journal Article\",\"fieldsOfStudy\":null,\"isOpenAccess\":false,\"openAccessPdf\":\"\",\"citationCount\":\"0\",\"resultStr\":null,\"platform\":\"Semanticscholar\",\"paperid\":null,\"PeriodicalName\":\"Gida the Journal of Food\",\"FirstCategoryId\":\"1085\",\"ListUrlMain\":\"https://doi.org/10.15237/gida.gd23101\",\"RegionNum\":0,\"RegionCategory\":null,\"ArticlePicture\":[],\"TitleCN\":null,\"AbstractTextCN\":null,\"PMCID\":null,\"EPubDate\":\"\",\"PubModel\":\"\",\"JCR\":\"\",\"JCRName\":\"\",\"Score\":null,\"Total\":0}","platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Gida the Journal of Food","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.15237/gida.gd23101","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
摘要
食品微生物学中使用的传统培养方法无法完全鉴定食品中的微生物群，针对这一问题，人们开发了非培养依赖性分子方法。元基因组研究是非培养依赖性方法之一，在元基因组研究中，可以通过直接分离 DNA 来鉴定微生物，而无需培养步骤。通过这种方法，可以鉴定微生物群中存在但因无法培养而无法鉴定的微生物。食品微生物学领域所研究的培养基微生物群的微生物多样性是通过扩增子测序（靶向测序）和霰弹枪元基因组学方法来确定的，这两种方法各有利弊。近年来，元基因组学作为食品工业的一门辅助学科，尤其是在食品微生物学和食品安全领域，经常受到人们的青睐。特别是，在发酵食品生产过程中检测复杂微生物活动的研究以及旨在调查食品腐败微生物群落的研究数量正在不断增加。
Gıda mikrobiyolojisinde kullanılan klasik kültürel yöntemler ile gıdaların mikrobiyotalarının tam olarak tanımlanamaması sorunu üzerine kültüre bağlı olmayan moleküler yöntemler geliştirilmiştir. Kültüre bağlı olmayan yöntemlerden olan metagenomik çalışmalarda kültürleme adımı olmaksızın direkt DNA izolasyonu ile mikroorganizmaların tanımlaması yapılabilmektedir. Bu sayede mikrobiyota içerisinde yer alan fakat kültüre edilemediği için tanımlanamayan mikroorganizmalarında tanımlanması mümkün kılınmaktadır. Gıda mikrobiyolojisi alanında incelenen kültür ortamlarının mikrobiyotasının sahip olduğu mikrobiyel çeşitlilik, amplikon dizileme (hedefli dizileme) ve shotgun metagenomik yaklaşımları kullanılarak belirlenmekte olup her iki yöntemin de avantaj ve dezavantajları mevcuttur. Metagenomik son yıllarda gıda endüstrisinde özellikle gıda mikrobiyolojisi ve gıda güvenliği alanlarında yardımcı disiplin olarak sıklıkla tercih edilmektedir. Özellikle fermente gıdaların üretimindeki karmaşık mikrobiyel aktivitenin tespiti üzerine yapılan çalışmalar ve gıdaların bozulmasında yer alan mikrobiyel toplulukların incelenmesini hedefleyen çalışmaların sayısı giderek artmaktadır.
求助内容：
应助结果提醒方式：
京公网安备 11010802042870号
