- Book学术

发布求助

文献互助智能选刊最新文献

Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) Pub Date : 2019-07-09 DOI:10.29122/JBBI.V6I1.3372

Siti Zulaeha, Devit Purwoko, Imam Civi Cartealy, Teuku Tajuddin, .. Karyanti, H. Khairiyah

{"title":"PERBANDINGAN TIGA KIT EKSTRAKSI RNA UNTUK ANALISIS TRANSKRIPTOMIKA PADA KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.)","authors":"Siti Zulaeha, Devit Purwoko, Imam Civi Cartealy, Teuku Tajuddin, .. Karyanti, H. Khairiyah","doi":"10.29122/JBBI.V6I1.3372","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Comparison of Three RNA Extraction Kits for Transcriptome Analysis of Oil Palm (Elaeis guineensis Jacq.) ABSTRACTObtaining high-quality RNA is very important at an early stage of molecular biology research. To isolate RNA, high skill and caution are required in following laboratory procedures because RNA is easily degraded, especially samples from plant tissue culture. One of the parameters used to check the total RNA quality is RIN (RNA Integrity Number). The aim of this study was to obtain RNA extraction methods on oil palm leaves, callus and somatic embryos that were of good quality and high concentrations for transcriptomic analysis. RNA extraction was carried out using Plant RNA PureLink (Ambion), Genezol RNA Extraction (Geneaid) and RibospinTM Plant (Geneall) kit methods. The results showed that oil palm leaf, callus and somatic embryo RNA were successfully extracted using the RibospinTM (Geneall) kit. Based on the total RNA number of more than 4 μg and the RIN value of more than 7, the extracted RNA could be used in RNA sequencing for transcriptomic analysis. Keywords: callus, oil palm, RNA analysis, RNA quality, somatic embryo ABSTRAKMenghasilkan RNA berkualitas tinggi sangatlah penting pada tahap awal penelitian biologi molekuler. Untuk mengisolasi RNA diperlukan keterampilan dan kehati-hatian tinggi dalam mengikuti prosedur di laboratorium karena RNA lebih mudah terdegradasi, khususnya sampel hasil kultur jaringan tanaman. Salah satu parameter yang digunakan pada pengecekan kualitas RNA total adalah RIN (RNA Integrity Number). Penelitian bertujuan mendapatkan metode ekstraksi RNA pada daun, kalus dan embrio somatik kelapa sawit yang berkualitas baik dan memiliki konsentrasi tinggi untuk analisa transkriptomika. Ekstraksi RNA dilakukan menggunakan metode kit Plant RNA PureLink (Ambion), Genezol RNA Extraction (Geneaid) dan RibospinTM Plant (Geneall). Hasil menunjukkan bahwa RNA daun, kalus dan embrio somatik kelapa sawit telah berhasil diekstraksi dengan menggunakan kit RibospinTM (Geneall). RNA hasil ekstraksi tersebut dapat digunakan untuk sekuensing RNA dengan tujuan analisis transkriptomika, dilihat dari jumlah total RNA yang lebih dari 4 μg dan nilai RIN lebih dari 7. Kata Kunci: analisis RNA, embrio somatic, kalus, kelapa sawit, kualitas RNA ","PeriodicalId":231498,"journal":{"name":"Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI)","volume":"21 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2019-07-09","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"2","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI)","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.29122/JBBI.V6I1.3372","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}

引用次数: 2

摘要

三种RNA提取试剂盒用于油棕转录组分析的比较在分子生物学研究的早期阶段，获得高质量的RNA是非常重要的。为了分离RNA，在遵循实验室程序时需要很高的技巧和谨慎，因为RNA很容易降解，特别是来自植物组织培养的样本。用于检查总RNA质量的参数之一是RIN (RNA完整性数)。本研究的目的是获得高质量、高浓度的油棕叶片、愈伤组织和体细胞胚RNA提取方法，用于转录组学分析。采用Plant RNA PureLink (Ambion)、Genezol RNA extraction (Geneaid)和RibospinTM Plant (Geneall)试剂盒进行RNA提取。结果表明，利用RibospinTM (Geneall)试剂盒成功提取了油棕叶、愈伤组织和体胚RNA。总RNA数大于4 μg, RIN值大于7，可用于RNA测序进行转录组学分析。关键词:愈伤组织，油棕，RNA分析，RNA质量，体胚Untuk mengisolasi RNA diperlukan keterampilan dan kehatian tingi dalam mengikuti proseri laboratorium karena RNA lebih mudah ter降解，khususnya样本hasil kuljaringan和tanaman。Salah satu parameter yang digunakan padpengecekan kualitas RNA total adalah RIN (RNA完整性数)。Penelitian bertujuan mendapatkan mede ekstraksi RNA - dadan, kalus和胚胎体细胞- kelapk - sawit yang berkualitas baik - memiliki konsentrasi tinggi untuk analisa transkritomika。Ekstraksi RNA dilakkan menggunakan metode kit Plant RNA PureLink (Ambion)， Genezol RNA Extraction (Geneaid)和RibospinTM Plant (generall)。Hasil menunjukkan bahwa RNA daun, kalus和胚胎somatik kelapa sawit telah berhasil diekstraksi dengan menggunakan kit RibospinTM(通用)。RNA hasil ekstraksi tersebut dapat digunakan untuk sekuensing RNA dengan tujuan分析转录组学，dilihat dari jumlah总RNA yang lebih dari 4 μg dan nilai RIN lebih dari 7。Kata Kunci:分析RNA，胚胎体细胞，kalus, kelapa sawit, kualitas RNA

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

查看原文本刊更多论文

PERBANDINGAN TIGA KIT EKSTRAKSI RNA UNTUK ANALISIS TRANSKRIPTOMIKA PADA KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.)

Comparison of Three RNA Extraction Kits for Transcriptome Analysis of Oil Palm (Elaeis guineensis Jacq.) ABSTRACTObtaining high-quality RNA is very important at an early stage of molecular biology research. To isolate RNA, high skill and caution are required in following laboratory procedures because RNA is easily degraded, especially samples from plant tissue culture. One of the parameters used to check the total RNA quality is RIN (RNA Integrity Number). The aim of this study was to obtain RNA extraction methods on oil palm leaves, callus and somatic embryos that were of good quality and high concentrations for transcriptomic analysis. RNA extraction was carried out using Plant RNA PureLink (Ambion), Genezol RNA Extraction (Geneaid) and RibospinTM Plant (Geneall) kit methods. The results showed that oil palm leaf, callus and somatic embryo RNA were successfully extracted using the RibospinTM (Geneall) kit. Based on the total RNA number of more than 4 μg and the RIN value of more than 7, the extracted RNA could be used in RNA sequencing for transcriptomic analysis. Keywords: callus, oil palm, RNA analysis, RNA quality, somatic embryo ABSTRAKMenghasilkan RNA berkualitas tinggi sangatlah penting pada tahap awal penelitian biologi molekuler. Untuk mengisolasi RNA diperlukan keterampilan dan kehati-hatian tinggi dalam mengikuti prosedur di laboratorium karena RNA lebih mudah terdegradasi, khususnya sampel hasil kultur jaringan tanaman. Salah satu parameter yang digunakan pada pengecekan kualitas RNA total adalah RIN (RNA Integrity Number). Penelitian bertujuan mendapatkan metode ekstraksi RNA pada daun, kalus dan embrio somatik kelapa sawit yang berkualitas baik dan memiliki konsentrasi tinggi untuk analisa transkriptomika. Ekstraksi RNA dilakukan menggunakan metode kit Plant RNA PureLink (Ambion), Genezol RNA Extraction (Geneaid) dan RibospinTM Plant (Geneall). Hasil menunjukkan bahwa RNA daun, kalus dan embrio somatik kelapa sawit telah berhasil diekstraksi dengan menggunakan kit RibospinTM (Geneall). RNA hasil ekstraksi tersebut dapat digunakan untuk sekuensing RNA dengan tujuan analisis transkriptomika, dilihat dari jumlah total RNA yang lebih dari 4 μg dan nilai RIN lebih dari 7. Kata Kunci: analisis RNA, embrio somatic, kalus, kelapa sawit, kualitas RNA

求助全文

通过发布文献求助，成功后即可免费获取论文全文。去求助

来源期刊

Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI)

自引率

0.00%

发文量