Lahontan Cutthroat Trout (Oncorhynchus clarkii henshawi) and Paiute Cutthroat Trout (Oncorhynchus clarkii seleniris) Detection from Environmental DNA Samples: A Dual-Purpose Assay

Abstract

Abstract. Lahontan cutthroat trout (Oncorhynchus clarkii henshawi) and Paiute cutthroat trout (Oncorhynchus clarkii seleniris) are rare taxa of conservation concern. Their generally low population densities and remote distribution make traditional sampling difficult, but they primarily exist in small streams, a habitat type where environmental DNA (eDNA) sampling has proven extremely effective. We developed a single eDNA assay that allows sensitive detection of both taxa, which occur separate from each other in different regions of the Lahontan Basin. Performance of the assay was evaluated using most lineages of Lahontan cutthroat trout and Paiute cutthroat trout as well as tissues of other cutthroat trout and rainbow trout that have been introduced within the Lahontan Basin. The assay amplified DNA only from the target taxa, and only from eDNA samples collected where those taxa were known to be present. This assay should enhance the ability of managers to more precisely and efficiently describe the distribution of these taxa. Resumen. La trucha degollada de Lahontan (Oncorhynchus clarkii henshawi) y la trucha degollada de Paiute (Oncorhynchus clarkii seleniris) son taxones raros de interés para la conservación. Sus densidades de poblacionales generalmente bajas, así como sus distribuciones remotas dificultan el muestreo tradicional. No obstante, se encuentran principalmente en arroyos pequeños, un tipo de hábitat donde el muestreo de ADN ambiental (eDNA) ha demostrado ser extremadamente efectivo. En este estudio llevamos a cabo un único análisis de eDNA que permite la detección sensible de cualquiera de los miembros del taxón, que se encuentran en diferentes regiones de la cuenca de Lahontan. El resultado del análisis se evaluó utilizando la mayoría de los linajes de la trucha degollada de Lahontan y la trucha degollada de Paiute, así como tejidos de otras truchas degolladas y la trucha arco iris que se han introducido en la cuenca de Lahontan. El análisis permitió únicamente la amplificación de ADN de los taxones objetivo, y sólo de las muestras de eDNA recolectadas donde se sabía que esos taxones estaban presentes. Este análisis mejorará la capacidad de los administradores para describir la distribución de estos taxones de manera más precisa y eficiente.