Molecular Identification of DNA Satellite Associated with Mungbean yellow mosaic India virus infecting Yardlong Bean in Yogyakarta

Jurnal Fitopatologi Indonesia Pub Date : 2022-03-25 DOI:10.14692/jfi.17.6.251-260

Mustika Ajeng Kartini Putri Pertiwi, S. Hartono, S. Somowiyarjo, S. Sulandari, Argawi Kandito

{"title":"Molecular Identification of DNA Satellite Associated with Mungbean yellow mosaic India virus infecting Yardlong Bean in Yogyakarta","authors":"Mustika Ajeng Kartini Putri Pertiwi, S. Hartono, S. Somowiyarjo, S. Sulandari, Argawi Kandito","doi":"10.14692/jfi.17.6.251-260","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Gejala mosaik kuning dan keriting daun ditemukan pada pertanaman kacang panjang di Sleman, Yogyakarta. Begomovirus diketahui sebagai salah satu penyebab penyakit tersebut. Penelitian dilakukan untuk mengidentifikasi spesies Begomovirus dan DNA satelit yang berasosiasi dengan penyakit mosaik kuning kacang panjang. Ekstraksi DNA total dari tanaman bergejala dilanjutkan dengan amplifikasi fragmen DNA spesifik Begomovirus dan Betasatelit. Amplikon DNA berukuran ±1500 pb dan ±1300 pb berhasil diperoleh menggunakan berturut-turut primer universal Begomovirus dan primer spesifik Betasatelit. Analisis sekuen nukleotida mengonfirmasi identitas Begomovirus yang menginfeksi tanaman kacang panjang ialah Mungbean yellow mosaic India virus (MYMIV) dengan homologi 99% terhadap isolat MYMIV asal Indonesia. DNA satelit yang berasosiasi dengan MYMIV menunjukkan karakteristik Betasatelit, yaitu memiliki satellite common region (SCR) dengan struktur stem-loop dan sekuen TAATATTAC pada bagian loop, adenine rich region sebesar 54.96%, dan ORF (open reading frame) non-coding. Lebih lanjut, analisis rekombinasi menggunakan SimPlot mengindikasikan bahwa satelit non-coding MYMIV merupakan satelit rekombinan antara Betasatelit dan DNA-B Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PepYLCIV). Artikel ini merupakan laporan pertama asosiasi betasatelit DNA non-coding dengan MYMIV di Indonesia.","PeriodicalId":31619,"journal":{"name":"Jurnal Fitopatologi Indonesia","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2022-03-25","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Jurnal Fitopatologi Indonesia","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.14692/jfi.17.6.251-260","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}

引用次数: 0

Abstract

Gejala mosaik kuning dan keriting daun ditemukan pada pertanaman kacang panjang di Sleman, Yogyakarta. Begomovirus diketahui sebagai salah satu penyebab penyakit tersebut. Penelitian dilakukan untuk mengidentifikasi spesies Begomovirus dan DNA satelit yang berasosiasi dengan penyakit mosaik kuning kacang panjang. Ekstraksi DNA total dari tanaman bergejala dilanjutkan dengan amplifikasi fragmen DNA spesifik Begomovirus dan Betasatelit. Amplikon DNA berukuran ±1500 pb dan ±1300 pb berhasil diperoleh menggunakan berturut-turut primer universal Begomovirus dan primer spesifik Betasatelit. Analisis sekuen nukleotida mengonfirmasi identitas Begomovirus yang menginfeksi tanaman kacang panjang ialah Mungbean yellow mosaic India virus (MYMIV) dengan homologi 99% terhadap isolat MYMIV asal Indonesia. DNA satelit yang berasosiasi dengan MYMIV menunjukkan karakteristik Betasatelit, yaitu memiliki satellite common region (SCR) dengan struktur stem-loop dan sekuen TAATATTAC pada bagian loop, adenine rich region sebesar 54.96%, dan ORF (open reading frame) non-coding. Lebih lanjut, analisis rekombinasi menggunakan SimPlot mengindikasikan bahwa satelit non-coding MYMIV merupakan satelit rekombinan antara Betasatelit dan DNA-B Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PepYLCIV). Artikel ini merupakan laporan pertama asosiasi betasatelit DNA non-coding dengan MYMIV di Indonesia.

查看原文本刊更多论文

侵染日惹yarlong Bean的绿豆黄花叶印度病毒DNA卫星的分子鉴定

在日惹斯雷曼的长坚果中发现了黄绿色和卷曲的马赛克症状。这种病毒是已知的致病原因之一。研究正在进行，以确定一种与黄豆马赛克疾病有关的病毒毒株和卫星DNA。从盆腔植物中提取DNA，然后对特定的海棠病毒和贝他罗卫星的DNA片段进行放大。Amplikon±1500 pb和大小的DNA±1300 pb连续获得成功使用Betasatelit具体Begomovirus通用底漆,底漆。核苷酸分析证实与MYMIV相关联的卫星DNA显示了betalite common region (SCR)的特征，它有一个stem-loop结构和序列TAATATTAC在环路部分，adenine rich region为54.96%，ORF(开放读取帧)非编码。此外，通过编译器进行的重组分析表明，非编码卫星MYMIV是将betasamav与DNA-B Pepper leaf curl Indonesia病毒(PepYLCIV)之间的一种重新组合卫星。这篇文章是与MYMIV在印尼的betasat sat非编码DNA协会的第一份报告。

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

求助全文

约1分钟内获得全文求助全文

来源期刊

Jurnal Fitopatologi Indonesia

自引率

0.00%

发文量

审稿时长

10 weeks