Molecular fingerprinting of Botrytis cinerea population structure from different hosts

Derim Pub Date : 2018-12-03 DOI:10.16882/DERIM.2018.410051

İ. Polat, G. Sülü, A. Ki̇tapci, E. Gümrükcü, Ö. Baysal

{"title":"Molecular fingerprinting of Botrytis cinerea population structure from different hosts","authors":"İ. Polat, G. Sülü, A. Ki̇tapci, E. Gümrükcü, Ö. Baysal","doi":"10.16882/DERIM.2018.410051","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Botrytis cinerea (teleomorph: Botryotinia fuckeliana ) ortualti sebze yetistiriciliginde kursuni kuf hastaligi etmenidir. Patojende olusan farkliliklarin bilinmesi hastalikla mucadelenin etkinligini arttirmaktadir. Calismada, Turkiye’nin Antalya ilinde yer alan 36 farkli seradan 42 adet izolat kullanilmistir. On iki SRAP (sequence-related amplified polymorphism) primer kombinasyonu ve 18 ISSR (inter simple sequence repeat) primeri dereotu, feslegen, marul, fasulye, hiyar, domates, biber ve patlicandan elde edilen B. cinerea izolatlarinin genetik farkliliklarinin belirlenmesinde oldukca yuksek polimorfizm saglamislardir. ISSR ve SRAP markirlardan elde edilen sonuclar UPGMA (The unweighted pair-group method with arithmetic average analysis) analizine gore izolatlar arasinda 0.15-0.90 oraninda degisen benzerlik elde edilmistir. Ayrica, cophenetic correlation degeri r=0.93 ile oldukca yuksek bulunmustur. Cluster analizi sonuclari degerlendirildiginde marul izolatlari diger izolatlara gore oldukca uzak kumelenmistir. Ayrica, tum izolatlar icin tranpozabl elementler ( Flipper ve Boty ) arastirilmis ve sadece Flipper element tespit edilmistir. Elde edilen genetik karakterizasyon sonuclarina gore, B. cinerea populasyonunda oldukca yuksek seviyede genetik farkliliklar bulunmustur. Bu durum, B. cinerea’ nin evrimsellesme potensiyeli ve gen akislarindan kaynaklanabilir. Farkli konukculardan elde edilen bu patojenin genetik farkliliklarinin belirlenmesinde kullanilan molekuler markirlar, ileride yapilacak calismalara da isik tutmaktadir.","PeriodicalId":30721,"journal":{"name":"Derim","volume":" ","pages":""},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2018-12-03","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"1","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Derim","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.16882/DERIM.2018.410051","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}

引用次数: 1

Abstract

Botrytis cinerea (teleomorph: Botryotinia fuckeliana ) ortualti sebze yetistiriciliginde kursuni kuf hastaligi etmenidir. Patojende olusan farkliliklarin bilinmesi hastalikla mucadelenin etkinligini arttirmaktadir. Calismada, Turkiye’nin Antalya ilinde yer alan 36 farkli seradan 42 adet izolat kullanilmistir. On iki SRAP (sequence-related amplified polymorphism) primer kombinasyonu ve 18 ISSR (inter simple sequence repeat) primeri dereotu, feslegen, marul, fasulye, hiyar, domates, biber ve patlicandan elde edilen B. cinerea izolatlarinin genetik farkliliklarinin belirlenmesinde oldukca yuksek polimorfizm saglamislardir. ISSR ve SRAP markirlardan elde edilen sonuclar UPGMA (The unweighted pair-group method with arithmetic average analysis) analizine gore izolatlar arasinda 0.15-0.90 oraninda degisen benzerlik elde edilmistir. Ayrica, cophenetic correlation degeri r=0.93 ile oldukca yuksek bulunmustur. Cluster analizi sonuclari degerlendirildiginde marul izolatlari diger izolatlara gore oldukca uzak kumelenmistir. Ayrica, tum izolatlar icin tranpozabl elementler ( Flipper ve Boty ) arastirilmis ve sadece Flipper element tespit edilmistir. Elde edilen genetik karakterizasyon sonuclarina gore, B. cinerea populasyonunda oldukca yuksek seviyede genetik farkliliklar bulunmustur. Bu durum, B. cinerea’ nin evrimsellesme potensiyeli ve gen akislarindan kaynaklanabilir. Farkli konukculardan elde edilen bu patojenin genetik farkliliklarinin belirlenmesinde kullanilan molekuler markirlar, ileride yapilacak calismalara da isik tutmaktadir.

查看原文本刊更多论文

灰葡萄孢不同寄主群体结构的分子指纹图谱

fuckeliana（硬骨异形体：Botryotinia fuckeliiana）是植物叶性的一种正交紊乱。对病原体差异的了解增加了疾病对粘液的影响。在Calismada，使用了来自安塔利亚36个不同地点的42个分离株。两个SRAP（序列相关扩增多态性）和18个ISSR（简单序列间重复）引物费斯勒根、大理石、法苏利、hiyar、domates、biber和patlica的第一个组合导致灰葡萄球菌分离株具有相对较高的多态性。ISSR和SRAP标记的算术平均分析的未加权配对组方法与分离株之间0.15-0.90%的方法相似。此外，同源相关降解相对较高，r=0.93。聚类分析结果表明，这是一个很好的结果。此外，已检测到用于伪隔离器的可移动元件（Flipper和Boty），并且仅检测到Flipper元件。根据遗传特征鉴定结果，金耳种群存在较高的遗传差异。在这种情况下，灰葡萄球菌可以从进化潜力和基因酸中获得。用于确定来自不同客人的这种病原体的遗传差异的分子是标记，这使得calism有待进一步研究。

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

求助全文

约1分钟内获得全文求助全文

来源期刊

Derim

自引率

0.00%

发文量

审稿时长

24 weeks