Identificación y secuenciación de SARS-CoV-2 en una leona africana (Panthera leo), bajo el cuidado técnico profesional, en Colombia

Q3 Medicine

Revista de salud publica Pub Date : 2022-03-01 DOI:10.15446/rsap.v24n2.104984

A. N. Agudelo-Suárez, Martha Isabel Murcia-Aranguren, Juan Germán Rodríguez-Castillo, Emiliano Barreto-Hernández, Andres Pinzón-Velásquez, Catalina Rodríguez-Álvarez, María Angélica Velásque-Villamil, Angie Paola Sarmiento-Hernández, Edison Alonso Toloza, Raúl Armando Gómez-Zambrano, Paola Andrea Marín-Valencia, Laura Valentina Sánchez-Quintana

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Abstract

Objetivo Identificar y caracterizar el virus SARS-CoV-2 en una leona africana (Panthera leo), hembra, de edad avanzada, que presentó por varios meses signos relacionados con enfermedad respiratoria atípica. Métodos Se tomaron muestras de hisopados nasales 23 días después de haber reportado secreción nasal inicial. Se realizó la detección del virus SARS-Cov2 mediante RT-qPCR y posteriormente se caracterizó el genoma completo mediante secuencia Illumina. Resultados Desde el punto de vista clínico, los resultados encontrados en las muestras de sangre no mostraron cambios evidentes que se pudieran relacionar con el virus o con todos los signos descritos desde el inicio del caso. Para la secuenciación genómica los análisis mostraron una alineación múltiple comparativa entre los tres genomas (muestra Leona, FIP u NC_045512 [Wu han]) por medio de Mauve, centrado en los genes Spike, E y M (archivo complementario, parte B). Se logró identificar 5 segmentos muy similares entre Leona y NC_045512 (Wuhan). Conclusiones Es necesario adelantar más investigaciones para estandarizar el diagnóstico de esta patología en los animales. Así mismo, se requieren estudios genómicos en estas especies. Además, se evidenció con la revisión del estado de la cuestión que existen muchos vacíos del conocimiento en la implicación zoonótica de la pandemia y en el conocimiento de este virus en animales domésticos y silvestres, lo que supone un reto importante para las investigaciones de aquí en adelante.

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在哥伦比亚专业技术护理下，非洲母狮(Panthera leo) SARS-CoV-2的鉴定和测序

目的鉴定和表征一只非洲母狮（豹）中的SARS-CoV-2病毒，该母狮是一只雌性，年龄较大，有几个月与非典型呼吸道疾病有关的症状。方法在报告最初流鼻涕23天后采集鼻拭子样本。使用RT-QPCR检测SARS-CoV2病毒，然后使用Illumina序列对整个基因组进行表征。结果从临床角度来看，在血液样本中发现的结果没有显示出明显的变化，这些变化可能与病毒或自病例开始以来描述的所有迹象有关。对于基因组测序，分析显示三个基因组（Leona样本，FIP或NC_045512[Wu Han]）之间通过Mauve进行了比较多的比对，该Mauve专注于Spike、E和M基因（补充文件，B部分）。Leona和NC_045512（武汉）之间发现了5个非常相似的片段。结论需要进行更多的研究，以规范动物中这种病理的诊断。同样，需要对这些物种进行基因组学研究。此外，对这一问题现状的审查表明，在人畜共患病对这一流行病的影响以及在家畜和野生动物中对这一病毒的了解方面存在许多知识空白，这对今后的研究构成了重大挑战。

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Revista de salud publica Medicine-Public Health, Environmental and Occupational Health

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期刊介绍： The Revista de Salud Pública of the Universidad Nacional de Colombia is published every two months and circulates nationally and internationally, during the months of February, April, June, August, October and December. It is dedicated to disseminate the results of research and knowledge in the different fields and disciplines of public health, and to promote the exchange of opinions that allow strengthening the role of public health as a tool to improve the quality of life of the population. The Institute of Public Health is the academic unit in charge of the Journal of Public Health.