Speciation in 3D

IF 13.9 1区生物学 Q1 ECOLOGY

Nature ecology & evolution Pub Date : 2025-07-29 DOI:10.1038/s41559-025-02834-0

Vera Domingues

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三维物种形成

重组通常在染色体倒转区域受到抑制，导致对适应和生殖隔离重要的等位基因的积累。基因组的三维组织影响染色体倒位的位置。例如，染色体倒位的边界经常与被称为拓扑相关结构域（TADs）的物理相互作用结构域的边界重叠。这些观察结果表明，tad可以通过限制反转断点的位置来促进适应和物种形成。在《分子生态学》杂志上，Yamasaki和他的同事们探讨了一对同地物种——日本海棘鱼（Gasterosteus nipponicus）和三棘棘鱼（G. aculeatus）的基因组结构、倒置和基因流动之间的关系。比较这两个物种中新产生的染色体尺度的基因组组合，作者发现了59个倒置，并且与共线区域相比，倒置区域内的基因流动水平更高，这表明倒置充当了基因流动的障碍。然后，作者使用Hi-C测序来表征基因组的三维结构，并分析它们与倒位的关系。反转断点往往发生在TAD边界，大反转的断点与两个染色质密度和基因活性水平不同的基因组区室的边界重叠。本研究表明，基因组的三维结构通过塑造倒位的染色体位置来影响两种棘鱼物种之间的基因流动。将基因组结构分析与群体遗传学相结合的未来工作可以告知基因组的3D结构影响物种形成的机制。原始参考文献：Mol. Ecol。https://doi.org/10.1111/mec.17814 (2025)

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Nature ecology & evolution Agricultural and Biological Sciences-Ecology, Evolution, Behavior and Systematics

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