玉米顺式监管格局

在过去的十年中，我们对非编码遗传变异如何影响动物表型的认识已经大大加深。然而，这一领域的植物研究相对滞后。为了填补这一空白，Robert Schmitz和他的同事研究了玉米顺式调控多样性的影响。利用单细胞ATAC-seq和单核RNA-seq，他们分析了172个近交系，创建了一个包括70多万个细胞核和33种细胞状态的数据集。他们的分析强调了驯化玉米特有的顺式调控元件和转座子活性的进化影响。重要的是，他们确定了超过100,000个染色质可及性相关的遗传变异（顺式caqtl），其中许多是细胞类型特异性的，并且与GWAS变异重叠。使用STARR-seq测试它们对增强子活性的影响。TEOSINTE BRANCHED1/CYCLOIDEA/增殖细胞因子（TCP）结合位点的变异似乎是染色质可及性变化的主要原因。顺式caqtl、性状变异和种群历史的整合揭示了局部适应如何在特定细胞环境下重塑调控网络，从而调节玉米的开花时间和花形态。在未来，将这些类型的分析扩展到研究玉米和其他关键作物的遗传变异如何对生物和非生物胁迫作出反应将是有趣的。原始参考文献：Science https://doi.org/10.1126/science.ads6601 （2025）