Development of Support Program for AMBER.

Abstract

タンパク質立体構造表示プログラムであるModrast-Pをベースにし，分子設計に広く用いられている生体高分子向け分子動力学計算パッケージ，AMBERの実行支援プログラムを作成した．本プログラムには，AMBERの入力ファイル作成支援，計算する分子の初期構造作成，そして分子動力学シミュレーション結果のデータ処理機能として，アニメーションなどの機能がある．本プログラムは，ワークステーション上で作動し，OPENLOOK等のXツールキットを一切使用していないため，殆どのワークステーションまたはFreeBSD等のPC-UINXがインストールされているパーソナルコンピュータで利用する事が可能となっている．そして本プログラムを用い，糖部２'位を化学修飾したDNAの構造についての分子動力学シミュレーションを実行した．