PBJ｜特邀综述：以水稻为例，推动“泛基因组”走进育种一线

本文是一篇关于泛基因组技术在水稻育种中应用的综述。背景方面，传统育种依赖单一参考基因组和SNP标记，已难以满足当前对多性状同步改良和基因精准聚合的需求，尤其在应对极端气候和品质提升方面。研究目的旨在探讨如何将能全面捕获结构变异等遗传信息的泛基因组，从基础研究转化为育种家可用的实用工具。结论指出，尽管水稻泛基因组在构建、非参考区域基因挖掘和整合SNP与PAV芯片方面取得显著进展，但实际应用中仍面临四大障碍：数据复杂难以转化、工具适配性差且算力成本高、基因分型体系与育种需求脱节、AI应用面临数据孤岛和模型解释性不足等困境。为此，作者提出了“泛基因组驱动的智能育种流程”设想，强调通过建立友好平台、整合多源数据，并结合育种家经验，将复杂信息转化为可视化、可操作的决策工具，从而推动泛基因组真正融入常规育种一线。