Adv Sci：吴俊团队绘制首个梨三维基因组图谱揭示亚洲与西洋梨叶片大小的遗传差异

背景：梨是世界广泛栽培的重要果树，主要分为亚洲梨和西洋梨两大类群。传统基因组学主要研究基因序列差异，而三维基因组学可揭示染色质空间构象如何影响基因表达和性状形成。梨的三维基因组研究此前尚未有报道。研究目的：本研究旨在绘制梨高分辨率三维基因组图谱，并整合ATAC-seq、全基因组长读长重测序、转录组测序和群体遗传数据，系统解析不同梨种质三维基因组结构的分化特征及其对重要性状形成的影响。结论：通过Hi-C建库测序，研究成功构建了亚洲梨‘砀山酥梨’、野生杜梨和西洋梨‘早红考密斯’的高分辨率三维基因组图谱，发现约22%的基因组区域存在A/B区室差异，约27%的区域出现TAD结构分化。种间结构变异与TAD边界偏移密切相关，边界附近基因普遍差异表达。进一步鉴定到234个选择驯化相关基因和3,605个分化基因定位于TAD边界，其中转录因子PyYABBY在亚洲梨和西洋梨中发生分化，过表达该基因能促进叶片发育并影响叶片大小，为揭示两类群叶片形态大小差异的遗传基础提供了依据。该研究标志着梨基因组学研究由线性序列解析拓展至空间构象调控层面。